明石还通过齐利阿库斯的斡旋，试图在俄国建立反对党联盟。齐利阿库斯率先向19个俄国政党发出邀请，但只有社会革命党在内的8个党派响应，布尔什维克和孟什维克等党派都拒绝参加。1904年10月1日，俄国反对党联合大会在巴黎举行，但会议并没有就联盟达成一致。其中一个重要原因是，各党人士在齐利阿库斯身后隐约看到日本间谍的身影。

　　1905年4月，联盟大会又在日内瓦召开。这次会议比巴黎会议更有代表性，孟什维克和布尔什维克都参加了，列宁还亲自到场。但列宁很快就离开了，因为他确信会议宗旨不符合他的原则路线。在《起义的战斗协商》一文中，列宁曾明确阐述过自己的观点。换句话说，列宁虽然赞同反对沙皇的力量采取一致行动，但不赞成借助外国间谍来把他们联合起来。

　　尽管如此，在日本间谍挑唆下，俄国各地的暴动已不可收拾：受芬兰独立党影响的一支部队为阻止军火运往远东，竟炸毁铁路;波兰独立领袖号召前线的波兰士兵掉转枪口，向俄国长官开火;波罗的海沿岸和外高加索也发生袭击警察局、暗杀官员事件……面对如此局面，沙皇被迫同意与日本媾和。

　　日俄战争结束后，明石元二郎奉命回国，随后被晋升为上将，他所撰写的《暴动的指南》一书也成为日军中野间谍学校的教材。日本人对明石大佐的评论是：“没了乃木大将，旅顺也能拿下;没了东乡大将，日本海大海战也能赢;但没了明石元二郎大佐，日本绝赢不了日俄战争。”

　　日俄战争期间，清政府保持中立，而实际上无论是政府官员还是一般百姓，鉴于沙俄对东北的侵占和不按期撤兵，是倾向日本一边的。正如吴玉章所说：“人们对沙俄的痛恨，还把同情寄予日本方面，听到日本方面打了胜仗，大家都很高兴。”王芸生也曾说过同样的话：“中国久受俄人凌虐，故当日俄战争期中，一般皆怀兄弟急难之义，虽云中立，在精神上和物质上均为日本之助。”作为政府官员的袁世凯也是这样，他表面中立，实则偏向日本，而且还为日本提供一些人员方面的支持，如派吴佩孚与日本情报人员一起，深入东北地区，为日本收集情报等。

　　袁世凯1901年11月继李鸿章之后出任直隶总督兼北洋大臣。直隶总督兼北洋大臣的职责本身对东北有一定的责任，所以就目前笔者接触到的资料而言，袁世凯是清政府官僚内最早关注东北问题的人。曾在袁世凯身边工作过的张国淦后来回忆说，袁世凯的关注，是袁世凯野心使然，“袁世凯政治上的野心，总是前进的。向来北洋控制东北，只在辽河以南各地区。袁氏督直后，即着手规划奉、吉、黑三省全部。日俄战争结束，他就条陈统一东三省方案”。

　　笔者认为，袁世凯对东北问题的关注，有其政治野心的一面，但更重要的一面是，一个具有民族情感的地方官僚对国家主权和国家安危关注的责任心使然。而实际上早在日俄战争之前，在预计沙俄按期撤出东北之后，袁世凯就曾拿出一个关于东三省的改革方案。这个东三省改革方案的要点，刊登在1903年5月18日的《大公报》上：

　　袁制军之满洲政策：袁制军近日编成俄兵撤退后统治满洲新制度，于前月二十四号详细据实奏陈，此揭其要领如下：

　　1、行政制度之改革。盛京、吉林两省仿照各省建制，总督、巡抚各一员，并设置府州县及以下官衙，隶属于该督抚。

　　2、军队制度之改革。接代俄兵，镇抚两省。其军队皆采用洋式练军，所有统炮兵器一律按照洋式，又计划国防军队……设提督一员，该提督须与督抚协议，图管内之治安。