这是因为叛军失策而导致的。叛军给了清军调整部队的时间，于是左宗棠一边调整士兵截击进入陕回族农民起义军，一边又命令刘锦棠接统老湘军，重新组织军队并对金积堡的进攻。为了从南面进攻金积堡，左宗棠命令雷正绾等人率领中路军夺取峡口，并攻占金积堡西面的叛军营垒，直逼金积堡西南的洪乐堡。在清军的大举进攻前，回族农民起义军毫不畏惧，顽强抗战。清军也为此付出了沉重代价，才攻下了金积堡周围各堡寨。最后在清军的严密包围下，回族农民叛乱军派出的两支援军被阻截，金积堡起义军的防御形势也日趋恶化。最后陕甘回民失败。

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