攻略巴蜀

　　李孝恭的祖父李蔚，就是李虎的第七个儿子(李世民的祖父李昺是李虎第三子)。隋朝末年，李渊在晋阳起兵，攻克长安后，下诏拜他为山南道招慰大使，领兵出巡巴蜀地区，连下三十余州。随后进击朱粲。大破其阵，俘获其众，诸将都说：“朱粲之徒杀食活人，是凶恶之贼，请将他们坑杀。”孝恭说：“不能这样。如今列城尽在寇境，如获敌则杀，以后还有谁归降呢?”全都赦罪释放。由此缘故，传檄所至之处，相继归附。

　　武德二年(619年)，李孝恭被封为信州总管，承受制命可以权益授官。

　　平灭萧铣

　　武德三年(620年)，李孝恭又献计进攻萧铣的割据政权，李渊非常欣赏他的计策，任命其为信州总管，进爵为王，并改信州为夔州，他广造大船，教习士兵水战，准备进攻萧铣。

　　李孝恭尽召巴蜀地区首领子弟收录任用，对外表示引荐擢用，而内心是将他们作为人质。

　　武德四年(公元621年)，李孝恭被任命为荆湘道行军总管，统率水陆十二支军队从夷陵出发，击破萧铣二镇之兵，解开战舰放于江中。诸将说：“所获船舰应当为我军所用，弃船就会资助贼寇，这样做是为了什么呢?”孝恭说：“萧铣的辖境，南至岭表，东达洞庭，地势险要战士众多，如今萧铣沿江镇守将士众多，如城未攻下而援兵到来，我军就会内外交困，舟船虽多，又有何用?如今萧铣已败，不会马上进兵，往返打听情况，就可延缓其救兵，那么我军就能顺利地攻下江陵了。”不久萧铣救兵到达巴陵，见空船，果然迟疑不进。

　　萧铣自度救兵难于急至，就对属下说：“天不助梁，数次亡国。如果战至力屈而降，唐军必因军士死伤而大杀城内百姓。怎能因为一人之故而使百姓遭殃呢。现在城池还未被攻拨，我先出降，可能会保全民众。众人失我，何患无君!”于是他亲自巡城下令投降，守城军士都号哭不已。萧铣祭拜太庙后，率官吏赴李孝军门请降：“当死者惟有我萧铣，百姓无罪，请勿杀掠。”李孝恭把萧铣用囚车送至京师。

　　俘辅公祏

　　李孝恭平灭萧铣后，被拜为荆州大总管，岭南四十九州皆望风而降，李渊大喜，任命他为荆州大总管，下诏画工图其击破萧铣之状以呈进朝廷。

　　李孝恭治理荆州有方，大力开置屯田，创设铜冶，以便利百姓。不久迁任襄州道行台左仆射。那时岭表地区还未平定，他便分别派遣使者抚慰，其投诚归附者有四十九州，使朝廷号令畅通于南海之滨。

　　武德六年(623年)，杜伏威的部将辅公祏反唐、杀王雄诞、率部占湖州。孝恭率兵前往九江，李靖、李勣、黄君汉、张镇州、卢祖尚全都受他指挥。出发之前，大飨将士，杯中之水忽变为血，在座者脸色尽变，孝恭举止自如，从容不迫地开导说：“祸福无门，惟人所招!我没做什么负心事，诸位不必为我如此忧心。辅公祏恶贯满盈，如今依仗朝廷威灵以问罪致讨，杯中之血，乃是贼臣授首的征兆而已!”一口饮尽，众心遂安。辅公祏部将冯惠亮等人守险邀战，孝恭坚守壁垒而不出战，派出奇兵断绝贼寇粮道，贼众渐饥，夜逼其营挑战，孝恭坚卧不动。第二天，派出羸弱兵卒前往贼营挑战，令卢祖尚挑选精骑严阵以待。不一会儿羸兵退却，贼寇追击败卒甚为嚣张，与祖尚之军相遇，交战一场，大败其众。冯惠亮退守梁山，孝恭乘胜攻破梁山别镇，贼众赴水死者数以千计。