1898年9月18日谭嗣同找到袁世凯希望袁世凯起兵勤王，诛杀荣禄及包围慈禧太后住的颐和园。两天后，袁世凯回到天津，将谭嗣同的计划报告了反对变法的荣禄。 9月19日，慈禧太后回宫，9月21日发动政变，宣布戒严，火车停驶；并即幽禁光绪帝，废除新政，搜捕维新党人。维新党人中，康有为早离开北京，梁启超逃入日本使馆。谭嗣同拒绝逃走，与其他数十人被捕，最终谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、杨深秀、康广仁六人在9月28日在菜市口被处斩。史称“戊戌六君子”。徐致靖处以永远监禁；张荫桓则发放新疆；唯一在地方彻底实施变法的地方巡抚湖南巡抚陈宝箴被革职，且永不叙用。所有新政，除京师大学堂（即现北京大学）和各地新式学堂被保留外，其余主要新政措施均被废止。

通过戊戌变法的结果可以看到，在半殖民地半封建社会的中国进行变革遭遇到的阻力是非常强大的，在中国要进行资产阶级改良是不现实的。