第一个阶段为起兵江南。康熙十二年十一月至十五年四月，当时战乱不断扩大，吴三桂已兵出三贵，进据湖南常德、长沙、澧州及岳州。此时，清军云集于荆州、武昌和宜昌，却不敢渡江撄其锋。情势愈加危急，孙延龄叛于广西，耿精忠叛于福建，四川更有罗森、郑蛟麟、吴之茂之叛。而台湾郑经渡海进兵于福建泉州、漳州与广东潮州，此外，提督王辅臣叛于宁羌，进行对清陕西经略莫洛的击杀。彼时四方震动，人心不定。康熙帝欲亲自上阵，却经议政内大臣密议谏止。清军只得东征西讨，常常顾此失彼。随后，尚之信叛于广东，总督、巡抚均附之，清廷便增兵两江。之后可谓是天下响应。清政权统一大陆之后，在全国范围内，民族矛盾仍然普遍存在。阶级矛盾上升成为社会的主要矛盾，而在统治阶级内部，矛盾继续存在。因此，吴三桂一举起反清旗帜，包括明皇室在内，以及郑经集团、部分汉宫、汉兵与少数民族上层人士，加上一些地区的农民、奴仆全部迅速做出了反应。除此之外，四川的几个土司、苗民和青海墨尔根台吉等少数民族亦相继响应。

第二个阶段为相持阶段，康熙十五年五月至十七年七月。王辅臣败降平凉，形势终于向有利于清军之方向发展。随后，耿精忠腹背受敌，亦仓促撤兵请降。之后，尚之信也投降。孙延龄被吴世璠于桂林杀害。清军集中兵力进逼岳州与长沙，吴三桂聚众固守。两军在各个湖南外围要地反复争夺。在军事之上双方仍处于相持阶段，清军将帅每多观望，旷日糜饷。

第三个阶段为平定云南，康熙十七年八月至二十年十月。康熙十七年，彼时吴三桂年已七十四，在衡州称帝，国号大周。但困境未变。同年秋，吴三桂因病而亡，形势陡变，后清军趁机发起进攻，叛军一蹶不振，清军逐渐攻破湖南、广西、贵州与四川等地。马宝、胡国柱等困兽犹斗，节节顽抗；另满洲将帅仍多迁延。时逾两年，清军才进逼于云南，康熙二十年底，清军围攻昆明。吴世璠自尽，余众出降，三藩之乱终于平定。

通过三藩之乱的过程，可以知道，在这次战争中，没有人是绝对的胜利者，最终受苦的依然是广大的民众。