但是等到天下平定的时候，权力的相等性却导致了一个很重要的矛盾。就是中央与地方的权力之争。由于事先除了在名份上有高低之分外，权力的相等性使得中央王朝倍感威胁，不得不时时注意这些“汉人功臣”的动向。

除了这一点，民族矛盾也是三藩之乱的一个重要原因。满族和汉族之间，由于两者交融时间并不是很长，再加上满人在入侵之时，制造了大量骇人听闻的屠杀。使得南方的汉人对满人的憎恶情绪很大。满汉不平等的现状，也使得民族矛盾日益突出。

三藩之乱最直接的原因，就是吴三桂的野心扩大，想与清王朝平分天下，而康熙的一纸撤藩诏书，拉开了这一场大战的序幕。

对于三藩之乱是怎么回事这个问题，史学界也有很多种分析，但是终归一点，三藩之乱，是满族入主中原以后最大的一次内战。