虽然乌坦战争结果以坦桑尼亚的胜利而告终，但坦桑尼亚同样付出了巨大的代价，首先就是因为战争而带来的巨额军费，除此之外坦桑尼亚的国内环境和经济秩序也遭到了很大程度的损坏，坦桑尼亚想在短时间内恢复经济甚为不易。同时，虽然伊迪·阿明被推翻，但乌干达的局势依然动荡，坦桑尼亚不得不在乌干达保留一定数量的军队来维持秩序，这对坦桑尼亚来说又是一笔不小的开支。