中期自1675年正月始，清廷采纳诸贝勒之见，命暂停攻岳州。1676年3月，岳乐率部包围长沙，并顿兵城下。尚善亦命其所部水师于洞庭湖击败吴军，攻取君山，逼近岳州。然之后尚善未作积极行动。1676年至1678年，双方战斗日趋激烈，尤其为康熙十七年上半年。清军连夺茶陵等十二座县城，又夺平江、湘阴。

1678年3月，数万兵力由永兴北上直取耒阳，进逼衡州。在实行军事进攻的同时，清军不断展开政治攻势，增大了吴军内部离心力，吴军大将林兴珠等人先后投降清军。在战争后期，1678年，康熙帝诏责尚善，以岳乐统军取岳州。后叛军杜辉等来犯，尚善遣军迎击，在洞庭湖打败叛军，杜辉败走。一月后尚善卒于军，同月，吴三桂病死。9月11日，康熙帝命急取岳州。1679年正月十八日，王度冲、陈珀等各以其舟师降。同时，吴应麒收残卒，挟辎重，溃围奔长沙。于是清军收复岳州。之后清军直下湖南，继而长沙被攻克。

三藩之乱岳州之战作为吴三桂政权生死存亡之关键战役，改变了之后历史的进程。