广泛流传着这样的故事：“神风”在中国元朝时期曾两度施威，摧毁了元朝入侵者的船舰，将日本从危难之中解救出来。此后数百年中，日本人一直对“神风”顶礼膜拜，兴起了大规模拜神的活动。然而，最新的科学发现却否定了这个传奇故事。发表在英国《新科学家》周刊的一项考古新发现指出：拙劣的造船工艺和船体设计是导致元军舰队葬身鱼腹的主要原因。

元军征日，忽必烈第一次远征日本

公元1274年，忽必烈第一次远征日本，遇上台风，即日本人传说中的救了他们的“神风”。

历史记载，元至元十一年(1274年)，元世祖忽必烈命凤州(今陕西凤县)经略使忻都、高丽军民总管洪茶丘，率900艘战船和1.5万名士兵，远征日本。元军在战争开始阶段取得了很多辉煌战果。

元军征日

井上靖这样记载：“(蒙古于)公元1274年十月初，占领了对马、壹岐两岛，继而侵入肥前松浦郡……使日军处于不利，不得不暂时退却到太宰府附近。元军虽然赶走了日军，但不在陆地宿营，夜间仍回船舰。当元军回到船舰后，恰遇当夜有暴风雨，元舰沉没两百余只，所余元军撤退，日本才免于难。”

台风乍起之时，由于不熟悉地形，元军停泊在博多湾口的舰队一片混乱，不是互相碰撞而倾翻，就是被大浪打沉。午夜后，台风渐停，但暴雨又降，加上漆黑一片：落海兵卒根本无法相救。忻都怕日军乘机来袭，下令冒雨撤军回国。此役，元军伤亡达1.35万人。日本史书称之为“文水之役”。

第二天早上，日军在太宰府水域列阵，但不见元军进攻，派出侦察人员始知博多湾海面已无元军船只，元军撤退了。日本朝野对突如其来的台风赶走元军十分惊喜，在全国范围内展开了大规模拜神活动，称之为“神风”。

忽必烈第二次远征日本

至元十八年，忽必烈第二次东征日本，两个月之后，又是一场巨大的台风让元军惨败。

当时，忽必烈以日本杀使臣为由，结集南宋新附军10万人组成一支大军远征日本。兵分两路，洪茶丘、忻都率蒙古、高丽、汉军共4万，从高丽渡海。阿塔海、范文虎、李庭率新附军乘海船900艘，从庆元(今浙江庆元)、定海启航。高丽国王为元朝提供了1万军队，1500名水手，900艘船和大批粮食。然而，日军已有前次抗击元军的经验，他们在箱崎、今津等处沿岸构筑防御工事，并以精锐部队开进志贺岛，与东征元军进行激烈战斗。

元军因内部高丽、汉、蒙古统帅之间的矛盾而不能协调作战。这样，元军在毫无隐蔽的情况下，每前进一步都要付出沉重的代价。双方对峙达两个月之久，元军没有看到胜利的希望。两个月之后，一场巨大的台风袭击了库树海岸，元军企图再次撤到海上，但他们这次的努力是徒劳的。

在此次台风袭击下，元军东路军损失三分之一，江南军损失一半，一些靠近海岸的士兵被日本人屠杀或溺死。汉文史料也记载，由于元军战船“缚舰为城”，因而在“波如山”的台风袭击下“震撼击撞，舟坏且尽。军士号呼溺死海中如麻”。元军第二次东征日本又以惨败而告终。