但是在第二次战争中，明朝因为内部的混乱，各种农民起义以及各路造反，所以放在这场战争的兵力锐减，但是好在当时明朝的国库丰盈，将领优秀。即使是在当时日本的攻击下也能取得胜利。

最后万历朝鲜战争双方战死人数统计出来的结果明朝伤亡共5万，日军伤亡超17万，而朝鲜伤亡达到26万，朝鲜平民的牺牲约为100多万，整个国家在这场战争中大大受损。