当时国民党内意见是不统一的，有人支持孙中山讨伐袁世凯的主张，但也有人主张用法律的手段解决问题，所以这次革命拖了很久，迟迟没有发动。袁世凯虽然暗杀的事情暴露，但因为从外国列强那获得了巨大的贷款，所以底气还是很足的。他先后罢免了一些支持孙中山的省份的都督的职务，而这些人见此就宣布独立，起兵讨伐袁世凯。孙中山二次革命由此正式开始。

不过因为这些军队是突然起兵没有很好准备，而且是各自作战没有统一指挥，战斗力远远不如袁世凯兵强马壮的北洋军阀的部队。所以也就仅仅一个多月，这些军队就都被袁世凯打败，南昌和南京也先后被其攻占，那些宣布独立的省份慌了又撤去了独立。二次革命就这么不到两个月就失败了，孙中山也被迫再次流亡海外，而袁世凯不久就被国会选举为中华民国第一任大总统。