虽然在南方也取得了不少的功绩，但是因为当地的气候十分湿热，并不能让这些土生土长的北方人适应，很快就有很多人死于瘴疫，于是在部下的建议之下黄巢起义路线发生转变开始准备回归北方。然而唐朝军队得知了这个消息后很快决定进行阻击，在湖南地区唐朝军队被打的毫无还击之力。直到公元880年起义军才都过了长江，并且与第二月穿越了淮河。黄巢起义路线直到后来进入长安后建立政权这才算稳定下来。