虽然武昌起义运动和同盟会并没有直接关系，但武昌起义革命的指导思想脱离不了孙中山的“三民主义”。参加武昌起义的人有不少是同盟会的领导人、重要骨干和一般成员。起义后革命政府的建立说明了武昌起义的指导思想正是孙中山的民族主义、民权主义和民生主义。以反封建反侵略、拥护民主平等政治和耕者有其田为中心内容的思想让新军、文学社以及共进会等革命团体与同盟会不谋而合，符合了遭受封建主义毒害的民众心声，响应革命的民情沸腾，引爆了全国各地推翻清朝政权的革命运动，革命得以延续发展，各地革命人纷纷勇敢站起来反封建反帝国，成功保障了辛亥革命的胜利，推翻清政府，建立起第一个民主共和国-中华民国。

武昌起义的指导思想沿用直至后来辛亥革命的果实被袁世凯窃取以及资产阶级民族革命屡屡受挫，孙中山结合实际情况和革命教训对“三民主义”作出了修正，由此演变出新三民主义。