日军还向坑里放水，村民们都冷的打冷战，30多名妇女被奸杀焚尸，日军担心村民再往外跑，于是又将村民赶往潘家峪的大院，上午十点多，日军对潘家峪里的村们进行机枪扫射，还向院子里扔手榴弹，整个潘家峪大院到处弥漫着硝烟，村民在浓烟滚滚中，四处奔跑哭嚎。一些没进大院和跳墙逃跑的村们，日军就在围墙外面将他们屠杀。

日军撤走后，上山砍柴回来的幸存者将潘家峪大院挖了个洞，救出里面还侥幸活着的村民，那些活下来的村民有的是靠装死，有的是被家人藏在地窖里才艰难的生活下来。这次潘家峪惨案对于村民来说那就是一场浩劫，不少人家都被杀绝了。这就是潘家峪惨案的过程。