6月2日，武汉大学各个组织发表抗议宣言。武汉其他学校的学生不顾军警威胁，毅然配着白花抬着花圈前往武大吊唁，两千余人为死去的同胞举行入殓仪式。前往灵堂祭奠的队伍络绎不绝，华北电联为了声援武大决定停课3天。清华北大两校反内战委员会组织罢课，中央大学、金陵大学等纷纷举办追悼会，十余所大学发电慰问。蒋介石迫于压力，将武汉军区司令彭善撤职，并释放了被捕的师生。

1947年6月4日，对于此次惨案所成立的善后委员会召开会议，一致决定在校内搭建一座"六一纪念亭"，将遇难的三名同学的遭遇刻成碑文，并将其塑成雕像。武大六一惨案的结果是主犯被执行死刑，但依然换不回逝去的年轻生命。