于是，在1915年3月，余清芳揭竿而起率众起义，准备进攻日本警所。而这时驻台南日方军警得知消息，紧急调集军警包围了义军山区基地。余清芳兵分两路，击溃日方的进攻并乘胜追击，杀死日警数十人。好景不长，8月15日，余清芳被汉奸出卖遭逮捕被绞死，日军展开了惨烈的大屠杀，死难者达1.2万人，这便是西来庵事件的结果。

西来庵事件迄今有百年，当地人不少父辈在这起事件中遇害，谈起西来庵事件的结果时，他们说：“至今无法原谅日本人的残暴。”