经过牡丹社事件，清政府被日本这个小国欺负，使得清朝官员愤愤不平。大家开始意识到海上防御的重要性，纷纷上书，加强海防。最终在综合了各种情况下，成立了北洋和南洋水师。

牡丹社事件的影响中最大的就是：清政府开始意识到台湾的重要性，将之前对台湾犹疑不定的态度发生了极大的转变，在其之后的统治中直到甲午战争都十分积极地建设台湾。