其次，嘉吉之乱的发生，可以体现出幕府的制度出现了一定的问题。在室町幕府建立之初，为了削弱众守卫、地头的势力，在足利义满时期就设立了由有功的大臣担任守卫一职，其目的是为了让更多人臣服于幕府势力，在众守卫之中形成竞争效忠的效应。但是这种制度，却在足利义教之时发生了重要的漏洞，有功之臣毕竟并非是家族本脉，他们并没有那么高的忠诚度。

最后，嘉吉之乱对于日本人们来说是一场重大的灾难，从此日本人们再度陷入动荡的战乱时代。