在这种情况下，波黑战争爆发了，支持独立的穆斯林人和克罗地亚人组成了联军，而塞尔维亚人由于历史遗留而拥有了武器优势，波黑战争初期，塞尔维亚人占据上风，他们在波黑境内开始划分势力范围，并开始了种族屠杀，波黑战争进行到1995年，越演越烈，联合国安理会和国际社会的协调都已不起作用，联合国授权北约开始对塞尔维亚人进行军事打击，在丧失战争优势的情况下，一直占据战争主导权的塞尔维亚人终于被迫签订停战协议。波黑战争在1995年12月结束时 ，波黑440万的人口中，有2780000多人死亡，有200万人成为无家可归的难民，而波黑整个国家已满目疮痍。