波斯尼亚战争影响了波斯尼亚黑塞维纳，整个国家440万的总人口，战争造成了占总人口6.8%伤亡，一半的人沦为难民，无家可归，80%的国家设施变成废墟，直接经济损失高达450多亿美元。而在波斯尼亚战争期间爆发的塞尔维亚人对波斯尼亚人的种族屠杀，更是可以单独列出来，做为反人类的滔天罪行，战争事后，官方统计约有7000多的波斯尼亚克男人死于这场屠杀，这是离现代文明最近的一场种族屠杀，让整个国际社会都为之震动，也直接促成了北约的军事干预，结束战争。

波斯尼亚战争影响深远，战争创伤即使到现在，还没有完全消弭。波黑国内的三大民族，穆斯林人、克罗地亚人、塞尔维亚人因为信仰不一样，历史遗留归属不统一，造成了先天性不和，而波斯尼亚战争的发生更是像一把利剑，让三者之间的的嫌隙更深，现在波斯尼亚人和塞尔维亚人是分治而居，虽相隔不远，却过着鸡犬声相闻，老死不相往来的生活。