当时的清廷在抵御外敌和内部起义的矛盾下，为了平息战事，与边疆签订的和平协议也宣布正式破裂。七和卓之乱无疑是在清廷千疮百孔的身体上再镶了一把刀子，使得清廷不得不再次分兵边疆，从而导致清廷今后在面对各地的侵略和起义之时心有余而力不足。

但是从另一方面来看，由于七和卓入侵使人民陷入水深火热之中，清军的及时镇压解救了当地的百姓，使得当地人民对清廷好感倍增，为今后收复新疆奠定了基础。同时，清军剿匪的力度也使周边蠢蠢欲动的小势力渐渐消停了下来，维系了短期的边境和平，使得清廷有了短暂的喘息之际。也算是七和卓之乱的影响之一。