另外应仁之乱的影响还在于大名这个身份所有拥有的权益开始被其他阶层所取代。本来守护大名所组成的团体一直都是属于幕府的，其中除了足利氏之外其他的人都是刚刚才得到将军的权力，在这种情况之地就连那些没有实权的大名也开始变得惶恐不安，生怕自己没有能力自保，而这时候他们手中的权力开始受到了强烈的打击。

由长子才能继承的家督政权一直是很多人都十分期待的，但是可惜的是因为在这个期间这项举措依旧没能得到完全的册立，而且再次之后丰臣秀吉很快就将江山同一并且建立了江户幕府的统治。