除此之外，美菲战争结果还有就是在战争成功后，菲律宾出现了新的领导政权，这导致了政权内部混乱，革命的势力出现了分裂，这股新的革命势力受到了殖民政府的逼迫，签订了一系列不平等的条款。但除了这股势力，菲律宾民众仍然是不断发起起义，一段时间后，之前被撤销的政权又恢复了。可是这股新势力在香港建立了委员会，受到美国政府的支持，在美国的帮助下成功又回到了菲律宾，再次开始领导政权。主要凭借美国的帮助，使得战争进展十分顺利，在西班牙军队被打退后。菲律宾正式独立了，在菲律宾成立了共和国，还发表了宣言，国家相应的宪法也颁布了。一切成果表明这都是菲律宾在美菲战争所取得的成果。

可是国家成立不久，美国又转向对菲律宾进行进攻，把菲律宾变为了美国的殖民地。以上便是美菲战争结果，虽然菲律宾在战争中有过胜利，可是最后还是沦为了美国的殖民地。