陕甘回乱起因其实说到底还是因为清朝的统治对回民们的压迫和剥削太过于严重。其实之前回民们的待遇也受到了统治者的优待的，但是随着时间的推移，回民的地位已经大大的降低，在当地回民们如果触犯了法律，那么他们的惩罚会比汉人重很多，许多的官员都会对回民十分的苛刻，这也是那个时代清朝所颁布的法律造成的。另外在文化方面双方也因为信仰的问题发生了冲突，回人们向来都是信奉伊斯兰教的，而汉人们对他们的信仰十分的歧视，因为信仰所带来的利益问题也让双方的冲突更加激烈。

在这种种的原因加起来最终让回人们无法再忍受清朝的统治，他们想要改变这种被压迫被歧视的现状。另外伊斯兰教一直想要趁着清朝的动荡建立属于自己的政权，于是不断的煽动和带领回人们和汉人发生冲突，这些也就是陕甘回乱的起因了。