在澎湖海战中清军的战果分析，清军之所以取胜，除了战船装备精良，将士作战骁勇之外，也是与作战中正确的指挥是分不开的。水师统帅施琅“治军严整，通阵法，尤善水战，谙海中风候”。实战证明，这一选择是正确的，他保障了清军在发起总攻前的安全锚泊。在战术上，集中兵力火力，速战速决。一场大规模的海战，双方损伤如此悬殊，这在海战史上也属罕见。