其实，就耶拿战役双方兵力相比较，普鲁士部队在人数上要略胜一筹，然而此一战关乎法国在欧洲战场上的战略地位，因此，拿破仑志在必胜，几乎毫无保留地将自己的全部兵力都投了进去，其中也包括被他视若瑰宝的缪拉所率领的骑兵部队，以及达武的第三军。
经过连场恶战，普鲁士大军终于不敌法军而溃败。
据战后伤亡数据统计，此一战，普鲁士各军共计伤亡二万七千人，损失火炮二百门。而法军由于战术配合得当，指挥高明，在付出了伤亡5000人的代价之后，终取得这场战争的最后胜利。
耶拿战役影响
耶拿战役图
这场规模浩大的耶拿战役影响十分深远，不仅是对战胜的法国来说，即便是对战败而付出鲜血代价的普鲁士人来说，耶拿战役的影响，也不容小觑。
论耶拿战役影响中最重要的一点，莫过于战后普鲁士国内政局的改变。
首先，对普鲁士人来说，此次战役的惨败，恰恰反映了当时政治、军事上仍处于封建时期的普鲁士有着自由改革的必要性及迫切性。无论是哪个时期的战争，只要是国与国之交的军事较量，比拼的必然是两个国家的综合实力，无可否认，当时的普鲁士在整体国力方面，比起统一而强大的法兰西帝国，要逊色不少，这一点，当时普鲁士主要的军事改革家例许多直接参战的高级军官都心知肚明。
由此，痛定思痛之后，普鲁士国内开展了一场从上而下的军事与社会制度改革，历经这一系列的改革之后，普鲁士开始转变为现代国家，其后，逐渐将法国的势力逐出德意志，从而成为欧洲大陆的主要领导国。
与普鲁士领导层的观点不谋而合的还有当时德国著名哲学家黑格尔。在耶拿战役进行得最激烈的时期，黑格尔的《精神现象学》也顺利完成了。在这部新作中，黑格尔视此次战役为“历史的完结”，这无异于为欧洲社会将走向“自由民主制”作了精辟的分析。