后来洪都拉斯和美国的关系变得明显疏远，但由于侨民问题的解决，国家的经济得到了明显的改善。其实洪都拉斯有可能赢得最后的胜利。洪都拉斯在战争中开始占有优势时，美洲国家的调停生效了，战争结束。但值得一提的是在战争结束的第二天，萨尔瓦多在国际上订购的战斗机到货了。洪都拉斯和萨尔瓦多在上世纪七十年代才进入喷气式战斗机时代。

1969年七月十八日晚上九点半，洪都拉斯军停止前进，半小时后撤离萨尔瓦多。而萨尔瓦多军队在八月五日才退回境内。萨尔瓦多军队入侵洪都拉斯后，曾推进六十公里，侵占了四百公里的地域。虽然两国停战，但双方的小规模冲突一直持续到二十世纪七十年代。

1982年十月底，萨尔瓦多和洪都拉斯签署和约，在法律上结束了足球战争。双方的领土争端也上交给国际法庭。