冯玉祥领导的西北军彻底瓦解，分裂成了四大派系。闫锡山领导的晋绥军也受到重创，内部的商震和傅作义等将领也前后联合成一个系别。东北军因为进入关中帮助中央军，所以在战后得到了华北的地盘，紧随其后又收编了大量的西北军和晋绥军派系的残余势力，一举成为全中国第二大的军事派别。新桂系撤退回广西以后，在陈济棠派粤军的帮助下自保。与此同时，派系领袖中的黄绍弘退出了新桂系。

在中原大战之后一些小军阀的势力也受到了不同程度的影响。建国豫军的首领樊钟秀阵亡，他领导的派系也在战后被收编了。石友三领导的西北军由张学良收编。而后因唯密谋夺取华北，被蒋介石和张学良左右夹击致使全军覆没。 杨虎城领导的陕军因为协助蒋介石而得到了陕西地盘。张发奎领导的粤军因战斗实力大损，不得不依附于新桂系。陈济棠领导的粤军在帮助了蒋介石后并未得任何好处，导致矛盾激化。后来以胡汉民被囚为口，和新桂系联合反对蒋介石。