第二个方面是对清政府的影响，长崎事件后的清朝自认为自己的军事力量强大，处在沾沾自喜的假象中无法自拔。清朝依然昏睡如故，对国防方面开始掉以轻心，北洋水师终日无所事事，除了军舰变得更陈旧以外就没有再更新了。于是，在之后的甲午战争中，清朝惨败，签订了丧权辱国的条约。

长崎事件的历史影响对于日本来说是一个觉醒的时期，他们意识到军事的不足，大力发展军事力量，从北洋军队首次访日到甲午战争不到十年的时间里，日本的战斗实力就已经超越了清朝的舰队。而反之清朝，观念守旧，沉浸在自我欺骗中，最后在甲午战争中被日本军队所击败。