1228年6月28日,皇帝带领军队踏上了东征的路,但没有得到消息的教皇甚是不满,教皇又一次把皇帝在教籍中除名。这次东征不仅没有得到教皇的支持,而且也没有得到贵族及其他人的支持,皇帝实力缺乏,不足以对抗敌军。这时的苏丹军因没有足够的军队也不想开战,但是双方又都想要面子上的胜利。继而十字军与苏丹军进行了谈判,最后签署了和议。在协议中,规定苏丹获得耶路撒冷、伯利恒、包括通向地中海的走廊。腓特烈二世在首次进入耶路撒冷时,只有少部分人的陪同,城市中也只有很少的人居住,就在这种情况之下,腓特烈二世还是自封为王了,后来他还做了一些很表面的工作。但凯撒里亚大教主到达以后,权利落入他的手中,皇帝在愤怒之下离开了。
1229年5月1日,腓特烈二世开始回国,回国后的皇帝并没有得到贵族们的认同,第六次十字军东征在一定程度上加剧了东西各派之间的矛盾。但因各自考虑各自的利益,没有人再去纠结十字军。