十二月，苻登攻安定，姚苌至阴密以拒之，对太子姚兴曰：“苟曜好奸变，将为国害，闻吾还北，必来见汝，汝便执之”(《晋书·姚苌载记》)。苟曜果然长安至长安见姚兴，姚兴派尹纬将其诛杀。
姚苌于安定东打败苻登，置酒高会，诸将都讨好地说：“若值魏武王，不令此贼至今，陛下将牢太过耳。”姚苌笑着说：“吾不如亡兄有四：身长八尺五寸，臂垂过膝，人望而畏之，一也；当十万之众，与天下争衡，望麾而进，前无横阵，二也；温古知今，讲论道艺，驾驭英雄，收罗隽异，三也；董率大众，履险若夷，上下咸允，人尽死力，四也。所以得建立功业，策任群贤者，正望算略中一片耳”(《晋书·姚苌载记》)。
太元十七年(392年)七月，苻登闻姚苌染疾，即率兵进逼安定。八月，姚苌带病出拒，另遣将军姚熙隆率部袭苻登行营，苻登被迫退兵。姚苌趁夜率兵旁出悄悄地跟在苻登军的后面。早晨候骑报告说：“贼诸营已空，不知所向。”苻登大惊道：“彼为何人，去令我不知，来令我不觉，谓其将死，忽然复来，朕与此羌同世，何其厄哉”(《资治通鉴·卷第一百八》)!苻登遂还雍城，姚苌亦还安定。
太元十八年(393年)七月，苻登攻后秦将军窦冲于野人堡，冲求救于姚苌。姚苌准备攻击，尹纬对姚苌说：“太子纯厚之称，著于遐迩，将领英略，未为远近所知。宜遣太子亲行，可以渐广威武，防窥窬之原。”姚苌从之，对姚兴说：“贼徒知汝转近，必相驱入堡，聚而掩之，无不克矣”(《晋书·姚苌载记》)。姚兴率兵攻胡空堡，苻登解围。姚兴转而奔袭苻登军大本营平凉城(今甘肃平凉西北)，大获而归，苻登则元气大伤。
十月，姚苌病重，回到长安。十二月，姚苌召太尉姚旻、尚书左仆射尹纬、右仆射姚晃、将军姚大目、尚书狄伯支入宫，受遗诏辅政。并对太子姚兴说：“有毁此诸人者，慎勿受之。汝抚骨肉以仁，接大臣以礼，待物以信，遇黔首以恩，四者既备，吾无忧矣”(《晋书·姚苌载记》)。姚晃又问取苻登之策，姚苌曰：“今大业垂成，兴才智足办，奚所复问”(《资治通鉴·卷第一百八》)!庚子，姚苌去世，时年六十四岁(姚苌去世的时间根据《资治通鉴·卷第一百八》记载是太元十八年十二月庚子，但这个日子好像不存在，但死于394年是肯定的，因为十一月庚子就已经是公元394年1月1日)。