在孙中山先生公开的传记中，承认的夫人只有两位，一位是卢慕贞、一位是宋庆龄。其实孙中山还有一位未过门的妻子陈粹芬，此外还有一位日本籍的秘密夫人。在孙中山家的族谱《翠亨孙氏达成祖家谱》关于孙中山的妻子有这样的文字描述：元配卢慕贞（1885年结婚，1915年离婚）享寿八十六岁，侧室陈粹芬（1891年开始与孙中山同居，1912年秋离开孙中山）享寿八十九岁，妣宋庆龄（1915年22岁的宋与49岁的孙中山结婚）享寿八十九岁。日本籍夫人在孙家家谱中没有作记载。
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元配卢慕贞夫人
卢慕贞的父亲卢耀显承先祖业读书，后漂洋过海到檀香山谋生，与孙眉（孙文哥哥）同为檀香山华侨，卢耀显虽经商而致家境渐富，却很早因病而逝，家境又渐转衰，卢慕贞是卢耀显的长女，虽然她的家距离孙中山的家乡翠亨村只有几里，但在这以前卢、孙两家素无往来。那时，年轻人结合全凭“父母之命、媒妁之言”，卢慕贞与孙中山根本无缘相见。对于孙中山来说，他有志于从事反清革命，生活势必飘忽不定，所以起先并不愿结婚。再加上他少年时就到檀香山，深受西方婚姻自由思想的影响，对封建礼教一向深恶痛绝，他的想法与父母的传统习俗大相径庭。而且卢慕贞身材矮小，自幼缠足，没受过什么教育，是一个相貌平平、性格内向的旧式女子。然而，由于孙中山一向敬重父母，同时他也根本没有把婚姻视为像反清革命那么重大，所以，他当时在婚姻问题上随波逐流，没有违抗父母和大哥之命。
1885年5月26日，卢慕贞在与年方20岁的孙中山定亲后，不久就结婚了。结婚三个月后，孙中山便于同年8月，离开家乡再赴香港中央书院复学。他埋首书海，只有在假期才回故乡团聚，对过门后才认识的夫人，开始时夫妻的感情并不深厚。但因其知书达礼，与言语不多的卢慕贞依旧能做到相敬如宾。
随着时光的流逝，孙渐为她孝顺、勤劳和贤惠的行为所感动。在婚后的数年中，尽管回乡并不多，但每次回家，卢慕贞总为他缝制一套新衣服和鞋袜，婆婆杨太夫人身上的穿戴也多出自卢慕贞之手。卢慕贞（1867-1952）与孙中山并非自由恋爱结婚，但也婚姻美满，生育下了子女孙科、孙延和孙琬三人。由于卢氏自幼缠足，个性内向，所以孙中山到各处筹募搞革命时，往往不能一同相随。在辛亥革命前后几个月，卢氏与二女都在槟城暂居。革命成功后，他们乘船回国，但卢氏无心当第一夫人。1915年，孙中山为娶宋庆龄，与卢慕贞协议离婚。卢氏晚年定居于澳门，1949年后，卢慕贞的名字就很少被人提及，她的照片长期未能悬挂于广东翠亨村故居，以致若干年后，许多人不知还有一位原配夫人，也搞不清独子孙科的生母是何许人。
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孙中山的妾陈粹芬
陈粹芬（1873-1960），1873年生于香港，原名香菱，又名瑞芬，排行第四，故人称“陈四姑”。她是孙中山的革命战友，原籍福建厦门同安，父亲是位郎中，五口通商时父亲随厦门商人来到香港，所以她出生在香港新界屯门。陈粹芬身材适中，眉清目秀，吃苦耐劳，颇具贤德，由于家贫，父母早亡，未曾读过书，因而有人说她不识字。由于早年在南洋活动的时间相当长，因而一般被误为南洋人。1891年的一天，19岁的陈粹芬在屯门基督教堂（美国纪慎会），由陈少白介绍她与孙中山相识。初次相见，孙中山即向她表示要效法洪秀全、石达开推翻清朝。出身贫困的陈粹芬深为孙中山的豪言壮语所感动，崇拜之情油然而生，也立志参加革命。不久，志同道合便使孙中山和陈粹芬结成革命伴侣，在红楼租屋住下，相偕奔走革命，共同筹划反对腐朽的清政府。这一年孙中山已26岁，在西医书院尚有一年才毕业，孙科就在此年出世的，以此推算，当为1891年。他们自1891年起相随十余年，陈粹芬多年来追随孙中山，足迹遍及日本、新马一带，陈粹芬是孙中山先生倡导革命初期的亲密伴侣。孙中山在日本和南洋从事革命活动时，陈粹芬一直追随左右。她常常替革命同志洗衣做饭，传递革命密函，甚至从事运送军火等危险的地下工作。孙中山在日本流亡期间她做孙中山的联络员，掩护革命同志，在孙中山周围待了十几年。后来因患了肺结核，怕传染给孙中山而离开了孙中山。
在孙家的祖谱里，陈粹芬是妾，陈粹芬与卢慕贞相处融洽，情同姐妹。晚年在中山县定居，由养女苏仲英（后改名孙仲英）和女婿孙乾（孙眉次孙）侍养。虽没与孙中山正式结为夫妇，但被长房孙眉及卢夫人承认为妾，1960年秋，年迈体弱的陈粹芬在香港溘然长逝，享年87岁。
日本籍的秘密夫人
根据一位名叫久保田的日本女子大学的教授的研究，他指出这位日本籍女人是住在东京南方的横滨市名叫宫川富美子的母亲——大月薰。孙中山于1898年在横滨的中国城，首次遇到宫川富美子的母亲，美丽的女子打动了孙中山的心，1901年孙中山要求宫川富美子的祖父答应把她的母亲嫁给他，她的母亲当时才14岁。其祖父生气的拒绝了，因为这个女孩太年轻，而当时孙中山已经36岁了。后来孙中山直接向该女求婚，于是两人就在横滨以简单的仪式举行了婚礼，不久孙中山独自前往东南亚及美国，于1905年回到日本看妻子，1906年他们的女儿出生了，但孙中山在女儿出生之前就因事离开日本，从此再也没有回来。宫川富美子的母亲后来改嫁两次，但仍保持与孙中山书信往来，于1970年去世，享年82岁。宫川富美子于出生后不久，由另一个家庭收养抚育。
孙中山在美国的亲友们也曾说，孙中山在日本有一个女儿，但不知其姓名，是一个日本籍太太所生的。这位东洋夫人的名字叫大月薰， 在她死以前，曾留下录音带和口述纪录。大月薰的父亲原是和中国有贸易往来的商人，孙文因藏匿在大月薰家里而与大月薰相识相爱;四年后孙文向大月薰求婚，并举行婚礼，当时大月薰还只是横滨高中女中的学生，年仅15岁。宫川富美子生于明治39年5月，富美子的名字中“富美”的另一个汉字写法是“文”字，这是仿效孙文的“文”所取同音字。宫川富美子生下后，立刻被送去做养女，她自己则是在昭和30年从当时住枥木县的生母大月薰那儿知道真正的身世。
这段秘密之所以被久保田教授证实，是因为他在神户华侨历史博物馆等地做研究时发现了录音带，录音带出现的一个人名字“温炳臣”，温炳臣这个名字，只有研究中国近代史的专家才知道，温炳臣也就是孙文同志，而且是少数清楚孙文在横滨所有行止的人才知道，从录音带里足见大月薰与孙文有关系。《读卖新闻》报道，现年78岁满头银发的宫川富美子，目前和儿子媳妇一同住在横滨市西区南浅间町32之10号，闲居在家。她在17日晚间，接受《读卖新闻》记者访问说：“我从母亲那儿知道自己是孙文先生的女儿，但因为顾虑到孙文家族的立场，因此没有公开。”
孙总理夫人--宋庆龄
宋庆龄，又名庆琳，教名露瑟萝，英文学名罗沙蒙德（Rosamond），出生于上海市。父亲宋嘉树，母亲倪桂珍。双亲既是教师又是基督教徒。1908年与妹妹美龄乘船到美国求学。1913年毕业于美国乔治亚州梅肯的魏斯里安女子大学哲学系。宋庆龄从美国毕业后，于1913年8月29日抵达横滨，第二天就由父亲和姐姐陪着去拜访孙中山，这是宋庆龄长成后首次会晤她所仰慕的革命家。
19年前，庆龄还在襁褓中时“见过”孙中山，她当然完全记不起来孙的模样。宋庆龄见到孙中山，极为兴奋，她也加入了父亲与姐姐的行列，协助孙中山处理英文信件。 1914年9月宋霭龄回上海与孔祥熙结婚，宋庆龄接替姐姐，做了孙中山的秘书。宋庆龄担任孙中山先生的英文秘书，并与孙中山产生感情，主动表示爱慕之意。宋庆龄父母得悉后，坚决反对他们的婚姻。孙是革命家，年岁的差距显然无法阻止两个人急速成长的爱苗，即使孙已有妻室和三个子女。
宋庆龄一连写了好几封信给仍在美国求学的妹妹宋美龄，信中热情地述说她为孙中山工作的愉快与期待。1915年6月，宋庆龄特地为她和孙中山的婚事返回上海征求父母的同意，宋家上下像遭遇了大地震。宋嘉树夫妇更是震怒惊骇，破口大骂孙中山，宋母泪眼婆娑地劝导庆龄说：孙已有妻室，儿子孙科比你还大，两人年纪相差悬殊。意志坚定的庆龄始终不为所动，父亲决定将庆龄禁足在家。孙中山的友人亦纷纷表示异议。孙却道：“不，如能与她结婚，即使第二天死去亦不后悔。”1915年6月，孙中山将元配从澳门接到日本办理离婚手续。10 月的一个夜晚，宋庆龄在女佣的帮助下，爬窗逃走，来到日本。10月24日中午，孙到东京车站迎接她，第二天上午即在日本律师和田家中办理结婚手续，孙中山 49岁，宋22岁。当天下午在日本友人庄吉家举办婚礼，到场致贺的中国人只有少数几人。
虽然彼此年龄相差悬殊，然而两人心灵契合，终身相许，这是一段美满的婚姻。1922年，陈炯明反叛，在逃亡时，宋庆龄不幸流产，从此不育。1925年3月12日，孙中山死于肝癌，终年59岁。宋庆龄则继续夫业，并被国民党肯定为“国母”。