第一种说法说的是司马迁惹怒了汉武帝，于是汉武帝下令秘密处决了他。我们可以分析一下这种说法，首先司马迁一案是汉武帝亲自给平反的，而且平反之后汉武帝还重用了司马迁，不计前嫌的委以重任，任命他为中书令。如果是汉武帝亲自下令杀死司马迁的话，那么汉武帝这个皇帝当的也太反复无常了，如何能够做好一个皇帝以德服人呢？并且，司马迁在《报任安书》中也曾强调过，是自己没说清楚话，没能给皇帝减少烦恼，这样认错的态度不应该招致杀身之祸，可见这个传言不真。

另外还有说是，司马迁的《史记》得以公开之后，司马迁高兴死了。这个说法显然就是无稽之谈，所以也就没有深究的必要了。还有一种说法是，司马迁退居故里，无疾而终。这个说法可以在今韩城市司马迁祠内《翟邑侯重修太史庙记》碑文中查证，碑文虽为清康熙七年韩城知县翟世琪先生所撰写，但他记叙的是华山“方外士”遗留的证言，比较可信。根据这碑文判断，司马迁晚年应该是干了几年中书令，之后就退了下来，在华山和道士讨论人生之道，七十岁的时候退居故乡颐养天年，终年七十岁无疾而终。