乾隆四十八年（1783年），刘墉升任直隶总督、协办大学士，兼理国子监事务。

乾隆五十一年（1786年），任职玉牒馆副总裁。但在此后数年里，刘墉不断犯错，官声渐不及从前，并多次受到皇帝责备。

乾隆五十二年（1787年）初，刘墉因为漏泄与皇帝关于嵇璜、曹文埴的谈话内容而受到申饬，被罢免了协办大学士。八月，乾隆委托刘墉主持祭拜文庙，却因没有按规定行一揖之礼受到太常寺卿德保的参劾。

乾隆五十三年（1788年）夏，刘墉兼理国子监期间发生乡试考生馈送堂官的贿赂案，被御史祝德麟弹劾，刘墉受到处分。

乾隆五十四年（1789年）四月，上书房的皇子、师傅们久不到书房，刘墉做为总师傅而不予纠正，被降职为吏部侍郎。

乾隆五十八年（1793年），刘墉担任当年会试主考官，却安排失当阅卷草率，导致违制与不合格的卷子很多。

乾隆五十九年（1794年），迁内阁学士，任吏部尚书。

嘉庆二年（1797年）三月，刘墉被授予体仁阁大学士，但被太上皇（乾隆）指责向来不肯真心实意做事，干活懒散，并称是因为没有其他人选，所以提拔刘墉。五月，刘墉奉旨偕同尚书庆桂到山东办案，察看黄河决口的情况，刘墉上书请求在决口处筑坝，下游疏导分流，朝廷采纳了意见。

刘墉在为官后期总是不断犯错，招惹乾隆不少责骂。有一段时间京城下雨，上书房教皇子读书的师傅们一连几天没有开课，而上书房的总师傅是刘墉，乾隆知道后很是生气，说刘墉失责，并降了他的职;后来他担任会试主考官，因为安排草率，阅卷的时候不注意细看，导致出现很多不合格的试卷，又是一则典型的“主考官失责”，自然更不受待见。

一连串的事件使刘墉失去被授予大学士的机会，直到后来才被授予体仁阁大学士，刘墉一生从未进入军机处，更没有接触到皇权政治权力中心，后世称刘墉为宰相，多半不大合适。在这里我们要说明的是，清朝并没有宰相这个职务，之所以有“宰相刘罗锅”的说法，是因为刘墉的最高职务相当于明朝以前宰相的职务。

刘墉为官前后差别很大，所犯的错误说大不大，说小不小，不至于被皇帝砍头，但却经常遭受皇帝责骂。刘墉之所从刚正不阿到糊里糊涂，原因在于那些平庸糊涂，不会功高盖主的人更能得到乾隆喜欢。刘墉正是看透这一点，因此宁愿表现得糊涂一些，最起码可以求得自保。当然这种思想在我们今天看来是要不得的，这种“老好人”的官员是不可能为百姓谋福祉的，但是在刘墉那个时代，面对乾隆这样的君主，刘墉有时候也是不得已而为之。