亚历山大二世的改革措施极大地促进了俄罗斯社会飞速发展，极大地增强了国力，但同时也出现了负面效应。由于俄罗斯政治和社会生活中的自由化，农民暴乱的频率加快、规模扩大。1861年和1862年的骚乱在俄国的大学蔓延。

1861年到1862年间，号召革命的传单出现在俄国各个城市。尽管在19世纪60年代存在严重困难，亚历山大二世和他的助手们仍然继续对俄国进行改革。1866年，随着情绪错乱的学生德米特里·卡拉克佐夫企图刺杀沙皇之后，很多历史学家认为脱离改革的变化到来了。同年，反动分子德米特里·托尔斯泰伯爵掌控了教育大权。在以后的几年时间里，对出版业的控制，限制“地方自治”议会征收税款和税款的使用，通过正常的司法程序豁免政治和出版案件，继续俄国化政策，对地方官员施加行政压力等方面都反映出一种向相反方向变化的倾向。另一方面，部分领域的改革，如1870年的市政改革、1874年的军队改革仍在进行中。

1865年，亚历山大二世的大儿子、皇位继承人22岁的尼古拉·亚历山德罗维奇大公因肺结核不治而死。亚历山大二世的女儿、女大公玛丽娅·亚历山大罗夫娜的身体也不甚健康。他的情感生活开始发生变化。1880年以后，年逾60岁的亚历山大二世的性情和处世态度都发生了巨大的变化。为了保持身体健康，他改变了自己的活动方式，越来越沉湎于个人生活，与情人叶卡捷琳娜·多尔戈鲁科娃的情感生活也达到了新的高度。

与此同时，俄国出现了一些地下革命组织，积极地开展恐怖主义活动，试图用刺杀沙皇和政要的手段，改变俄罗斯社会。1873年至1874年，俄国民粹运动鼓励农民反抗专制制度。然而农民的反响并不大，这使得民粹运动分裂成为了几个不同的团体。1874年之后，革命者中的恐怖主义势力抬头，屡次试图刺杀沙皇。亚历山大二世对俄国的革命运动仍无情镇压，致使革命团体活动不断增多。这一时期，积极主张行刺沙皇的就是处于地下状态的民意党人。亚历山大二世遭到过多次暗杀袭击，但由于防卫措施得当，一直安然无恙。