这年四月，诏立晋王李治为皇太子，以长孙无忌为太子太师，房玄龄为太傅，萧瑀为太保，李世勋为詹事。萧瑀、李世勋并同中书门下三品。同中书门下三品，就是宰相。东宫三师，都是从一品官员，并且没有高尚的道德是不能占据这一位子的。三师还受到特殊的礼遇：三师谒见太子，太子应出门迎接参拜；太子至师傅家门口，师傅让进才能进；师傅坐下后，太子才能人坐。
贞观十九年(645)，唐太宗亲自率兵伐辽东。他让房玄龄留在京城，处理全国的日常政务，并可以随机行事，不必奏请。萧瑀留守洛阳，为洛阳宫守。洛阳地处冲要，襟带关、河，无论从政治、经济，还是从军事等方面看，它所处的地理位置都非常重要。当时的南北大运河是以洛阳为中心，向南可以沟通经济富庶的江淮地区，向北则直通幽州。幽州是伐辽东的军事基地，而洛阳则是进攻辽东的大后方和物资供应基地。这里集中了大量的军用物资和粮食等，可通过永济渠运到前线。这样的一个重要交通枢纽，就需要有人进行全面的管理和调控，以保证前线的物资供应。萧瑀成了唐太宗心目中的最佳人选，很荣幸地担任了这一差使。九月，唐太宗很顺利地攻下了辽东，率军凯旋而归。
6．佞信佛教
萧瑀同其高祖萧衍一样，崇奉佛教。武德九年(626)四月，太史令傅奕上疏李渊请求废除佛法、抑制佛教。傅奕，隋唐之际著名的学者，精通天文、历法。傅奕主张反佛，他从政治、经济、思想、伦理、风俗等方面全面地揭露了佛教的危害。其反佛主张主要有四点：第一，佛教是外来宗教，佛教经典为妖书、邪法，其传人后，破坏了原来的统治秩序；第二，佛徒削发出家，”人家破家，入国破国”，是弃君、弃父不忠不孝之徒，背离了儒家忠孝思想和伦理道德；第三，佛教徒游手游食，易服以逃避租赋，佛寺与政府争夺劳动力，影响国家财政收入；第四，佛教讲究祸报，但却于事无验。傅奕的反佛言论一出，时任中书令、佞信佛教的萧瑀就与他展开了激烈的辩论。萧瑀认为：”佛是圣人。傅奕反佛，非圣无法，应该处以严刑。”傅奕严厉地驳斥说：”礼源于事亲，成于事君，这样忠孝之礼方能显现，臣子之行才得以完成。佛教徒削发为僧，舍弃君父，以匹夫抗天子，以继体悖所亲。萧瑀你并非出于空桑，却遵此无父之教。臣听说不孝者无亲，这不就是说的萧瑀吗？”萧瑀被驳得哑口无言，只好合掌说：”地狱所造，正为此人。”李渊基本上接受了傅奕抑佛主张，但不久玄武门之变发生，李渊让位于世民，其抑佛措施未及施行。
唐太宗生活在佛教兴盛的年代，认识到佛教在社会上的影响，对傅奕的全面抑佛主张持有怀疑态度。但对佛教给政治带来的危窘，唐太宗有着较为深刻地认识。作为一个有作为的君主，太宗所关心的是唐代政治，至于佛教只是一种工具而已。所以为了政治的需要，对佛教放之任之，也并无过错。他知道萧瑀崇佛，曾赏赐萧瑀刺绣的佛像一尊，佛像旁还镶有萧瑀的图像。又赐书法家王褒所书《大品般若经》一部，并赐袈裟，为其讲佛诵经时所穿。但是，当萧瑀的佞佛与政治发生冲突时，太宗也毫不手软，给予严厉惩治。
贞观二十年(646)，萧瑀请求出家，太宗回答说：”朕知道爱卿一向喜爱、信仰佛教，现在也不违背你的意愿了。”但是萧瑀很快又回奏说：”臣刚才思量了一下，还是不能出家。”也许，萧瑀思量不能丢下朝廷社稷，其用心仍是好的。但是太宗已在群臣面前表了态，萧瑀言行不一，根本没把他天子放在眼里，心中愤怒久久难平。九月，萧瑀称有脚病，不去拜见太宗，太宗大怒，对侍臣说：”萧瑀难道是没有得到他的归宿吗，竟然嫌怨到了这地．197″于是亲手写诏，指斥萧瑀，把萧瑀高祖萧衍穷心崇佛，导致社稷灭亡的事都端了出来。不仅罢了他的相位，贬出京城，而且还免除了他的封爵和食邑。萧瑀以信佛为由严重干扰了政治游戏，太宗当然无法再容忍下去。
相对于前几次大起大落而言，这次也许较严重了些，连封爵、食邑也被剥夺了。已届暮年的老臣再次受到这样沉重的打击，心里难受极了。太宗很快意识到如此对待功臣有失公允，和历史上的暴君、昏君又有何区别？贞观二十一年(647)，太宗立刻下诏，把萧瑀召回京城，授金紫光禄大夫，复封宋国公，并让他跟随自己到玉华宫休养。所谓”金紫”，即光禄大夫加金印、紫绶，为正三品官阶。
7．福祉子孙
如此大的反差，一悲一喜，来得如此快，去的又是如此匆匆，风烛之年的萧瑀已经不起这样的折腾。第二年三月，一个他再也承受不了的噩耗传来，萧皇后，八十二岁的姐姐撒手西去。没过多久，萧瑀突然发病，六月逝世于玉华宫，终年七十四岁。太宗闻讯后停止了用膳，高宗致哀，并遣使吊祭。礼仪官太常赠谥号”肃”，太宗认为萧瑀一生耿直不枉，但”性多猜贰”，改谥”贞褊”，诏赠司空、荆州都督，赐东园秘器，陪葬昭陵。
萧瑀临终前留有遗书一封，认为”生而必死，理之常分”，他要求诸子办理丧事，一切从俭，以为后世树立榜样。
萧瑀病逝一个月后，房玄龄也病故于玉华宫，贞观二午三年(649)五月，唐太宗驾崩于含风殿，”贞观之治”至此落下帷幕。萧瑀在唐朝政治生涯中，几乎与武德、贞观两朝相始终，贞观年间，五遭罢相，但皆以端正鲠亮、不徇私情而屡罢屡起。
萧瑀有三子，长子萧锐历任太常卿、汾州刺史等官，父死后，继承其爵位和食邑。萧锐为太宗女婿，娶襄城公主为妻。襄城公主性格文雅，知书达理，能谨守孝道。太宗想为萧锐与公主别建住所，但公主推辞说：”妇人侍奉公婆要如同侍奉父母一样，如果分居，侍奉公婆非常不便，即为不孝。”太宗诏令诸公主都要以襄城公主为楷模。次子萧锴，虞部郎中；三子萧钺，给事中。其孙有四人，萧守道；其中萧守业，卫州刺史；萧守规，简州司马,夫人河东柳氏；萧恕，虢州刺史，后赠工部尚书。曾孙三人：萧籍，襄州刺史；萧沔，剑南西川行军司马，兼御史中丞；萧定。玄孙：萧建，黔中观察使。
萧定(708～784)，字梅臣。萧定初荫授陕州参军，后迁金城县丞，理政以清廉干练而闻名。累迁侍御史、考功员外郎、左司、右司郎中。后遭宰相元载排挤，历任秘书少监、袁州、信州、湖州、宋州、睦州、润州等州刺史。唐代宗大历年间(766～779)，朝廷考核天下州郡长官政绩，他与常州刺史萧复、毫州刺史张镒并列第一。后萧定再以勤农桑、均赋税，捕亡归复，户口增加，获冠，升户部侍郎、太常卿。唐建中四年(783)冬，朱批叛乱，萧定改名换姓，躲匿里间间。乱平，回京旌擢，任太子少师。唐兴元元年(784)病卒，享年七十七岁，赠太子太师，列为良吏。
此后，在萧氏家族中最兴旺的是萧岿的后裔，特别是萧珣之子萧钧的后裔，人才济济，自其孙萧嵩始，有唐一代共有七人任宰相。
隋唐五代萧氏宰相世家-八叶世系表
40萧衍 梁武帝
41萧统 昭明太子
42萧詧 宣帝
43萧岿 孝明帝
44萧珣 南海王 萧瑀 宰相、宋国公
45萧钧 谏议大夫
46萧瓘 渝州刺史
47萧嵩 宰相、徐国公
48萧华 宰相、徐国公萧衡 驸马都尉
49萧恒 萧悟 萧复 宰相、忠穆公
50萧俯 宰相萧仿 宰相萧俭 萧偡
51萧稟 萧置 宰相
52萧顷 宰相萧遘 宰相