司马奕是晋成帝司马衍的次子、晋哀帝司马丕的同母弟，他出身当年就被封为东海王，司马丕登基后，司马奕被改封为琅琊王。升平五年(361年)五月二十二日，晋哀帝因常年服用丹药中毒而亡，没有留下子嗣。国不能一日无君，三度垂帘的崇德太后褚蒜子下诏，让皇帝的弟弟司马奕继承皇位，司马奕就这样成为了东晋第七位皇帝。

　　那么，司马奕为什么会被废黜呢?一切还要从当时的权臣恒温说起。

　　恒温不仅出自名门豪族，还是晋明帝的驸马，从辈分上算还是司马奕的姑父。他是个强硬且诡计多端之人，经过多年处心积虑的布局，在晋哀帝时期逐渐开始掌控朝廷。司马奕在位时期，恒温更是权势熏天，在军队和后勤、中央和地方，几乎所有重要职位他都担任了，他还想取代司马奕的皇位。

　　恒温原本打算通过北伐立功，威震朝廷，得胜归朝时顺理成章地篡夺司马氏的皇位。然而枋头之败导致恒温魏王顿减，他预期建大功而后谋的愿望落空，但并没有放弃。

　　司马奕即位以来，一直“守道”，本身并无过错可言。想要废除皇帝必须向天下人给出合理的理由，于是恒温便污蔑司马奕还是王爷时就有痿疾，像太监一样不能行男女之事，他的三个儿子都是嫔妃与男宠私通所生。恒温派人到处传播这样的流言，制造舆论，逼迫褚太后下诏废黜司马奕。就这样，做了六年傀儡皇帝的司马奕被迫交出国玺，背负着屈辱的名声离开了皇宫。

　　司马奕被降封为海西公后，日子也并不好过。一些人为了利益，假借他的名义，声称奉他的诏命，聚众起事，反对朝廷。司马奕自知复辟无望，为了避免嫌疑与猜忌，便更加小心谨慎地度日，他深居简出，闭门谢客，整日在家沉迷于酒色。

　　司马奕有意表现得平庸，总算避免了杀身之祸，在太元十一年(386年)十月十六日病逝，时年四十五岁。