但正值吴三桂起兵，他怎么会允许后方有孔四贞这样忠于清廷的人，于是派兵将与他作对的孔四贞抓走，并将孙延龄和他们二人的独生子也杀死了。由于孔四贞是老定南王的女儿，所以为了追求内部团结，吴三桂也只是把她软禁起来，而这一过就是八年。一直到康熙皇帝平定了吴三桂的叛乱，孔四贞才被解救出来，同时也由于皇帝对藩王的戒心，就让孔四贞前往京城居住，所以明白“飞鸟尽，良弓藏”的孔四贞便将还忠于自己的部队献给了皇帝，从此移居北京。

　　此后的孔四贞孑然一身在北京西华门附近的南北长街居住长达30多年，青灯古佛，为所有死于三藩之乱的无辜者百姓诵经念佛。一直到康熙五十二年，孔四贞逝世，朝廷为她举行了隆重的葬礼，并把她埋在了父亲孔有德的衣冠冢父亲，从此一代奇女子就湮没在了历史中。
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