秦琼正是因为年轻时上阵杀敌时实在太过拼命,导致元气大伤,身上时常受伤,而这些伤口,在秦琼年老时渐渐地露出了弊处。而还有另外一种说法是说,晚年的秦琼赌气与尉迟恭赌气争帅印而不顾自己体弱举金狮,结果加剧了身体的衰弱。不过这种说法并不是特别的可信,但是不管中间如何的众说纷纭,最终的结果仍旧是秦琼最后久病缠身,病死床前。
终于,在唐朝统一后,秦琼疾病缠身,身体日渐衰弱,最终病死床前。一个戎马半生的将领,最终于贞观十二年因病而死,不得不叫人唏嘘。秦琼死后,李世民悲伤无比,随后又追封为徐州都督、胡国公。将其画像置于唐朝专门悬挂唐朝有功之臣的凌烟阁内。打下了大唐的盛世江山。而李世民此人心胸宽广,知人善用;对待自己的开国功臣也是宽容有加,极为善待。