敌军潮水般涌向她把她层层包住，不料她越战越勇，所向披靡，一边砍杀周围的敌兵，一边慢慢向敌将杨朝栋靠拢。将到近前时，她一顿猛杀之后，忽地纵马腾跃，还没待四周的人看清，她已把杨朝栋抓在了自己的马背上，右手挥舞着长矛，左手牢牢制住了敌将。众敌兵见头领被擒，顿时乱了阵脚，秦良玉的白杆兵乘胜追杀，杀得5000敌兵死的死，逃的逃，溃不成军。

　　对秦良玉巾帼不让须眉的英勇行为，大明总督李化龙大为叹异，命人打造一面银牌赠与时年26岁的秦良玉，上镌“女中丈夫”四个大字，以示表彰。

　　攻下邓坎后，剿匪大军趁热打铁，剩勇追寇，接着又顺利地拿下了桑木、乌江、河渡三关，直达播州外围的娄山关。娄山关是播州城外的一道天然屏障，山势高峻险要，仅一条小路通过关口，可谓是“一夫当关，万夫莫开”之地。

　　娄山关由于道路狭窄，无法通过大批兵马，只宜智取，不宜强攻，秦良玉便帮丈夫定下了一个巧取的方案。这天凌晨，秦良玉与丈夫马千乘双骑并驰，沿正路攻向关口，只见两杆长矛上下翻飞，挡关的敌兵一一倒下，而后上的援兵也无法一涌而上。

　　当秦良玉夫妇两人并肩血战、而敌兵越聚越多时，几千白杆军突然从关口两侧包围过来，敌兵猝不及防，纷纷作鸟兽散。攻下娄山关后，叛军失去了护身符，剿匪大军一鼓作气，攻陷了叛军据点播州城，杨应龙全家自焚而死，这场旷日长久的叛乱终于偃旗息鼓灰飞烟灭了。

　　平叛后论功行赏时，石柱白杆兵战功卓著，被列为川南路第一有功之军，秦良玉初次参加大战，立下汗马功劳，除受到重奖外，“女将军”的英名远播四方，闻之者无不肃然起敬。

　　万历四十一年(1613年)，秦良玉丈夫马千乘死于狱中。《明史》记载说，石柱部民状告马千乘，明廷把他逮入云阳狱，不久马千乘病死其中。

　　但他真正的死因，其实是北京万历帝派来的监税太监丘乘云向石柱索取贿赂，马千乘自恃于朝廷有功，不予。这下可羞恼了丘公公，他指使手下捏造罪名，把马千乘逮捕狱，活活折磨而死，时年仅四十一岁。

　　马千乘冤死于狱中后，朝廷仍保留了他家石砫宣抚史的世袭职位。而这时马家的继承人马祥麟年龄尚幼，朝廷鉴于秦良玉作战有功，文武兼长，所以授命她继任了丈夫的官职。秦良玉化悲痛为力量，毅然接过丈夫遗留下来的干斤重担，来完成丈夫未竟的事业，继续训练白杆兵，管理石砫民众，尽心尽力，尽职尽责。明神宗万历末年，满人崛起于东北的白山黑水之间，以努尔哈赤为汗，建立后金，公然叛明。明神宗调集八万大军征边应敌，却不料出师不利，八万大军几乎全军覆没。

　　山海关战事暂时平息了，于是秦良玉率部返回石柱。返回之时，正赴上永宁宣抚使奢崇明起兵叛乱，奢崇明的党羽樊龙占据了重庆，听说秦良玉带兵回到了石柱，马上派人携金银厚礼去与她联络，想请她共同举兵;秦良玉大怒，当即斩了来使，火速发兵，溯江西上赶到重庆，出其不意地打败了樊龙的部队，攻占了重庆。

　　紧接着，她又率兵直赴成都，彻底击毁了叛军势力。朝廷闻报后，授秦良玉为都督佥事，并任命她为石柱总兵官。

　　当解除了成都之围、秦良玉率领白杆兵骑马进城时，成都的市民纷纷涌上街头，扶老携幼，争睹女将军的风采。

　　这时秦良玉已是五十开外，几十年的戎马生涯，不但没催她衰老，反而把她磨炼得愈加英姿飒爽。只见她端骑桃花马上，面颊红润饱满，两眼炯炯有神，身姿挺拔，气宇轩昂。

　　成都民众将她视为神明，纷纷在她走过的路上焚香跪拜，表达了对这位女救星的无限崇敬之情。