南怀仁1623年10月9日生于布鲁塞尔附近的小镇彼滕(Pittem)，12岁起他进入耶稣会办的学校读书，17岁时开始了他在鲁汶大学艺术学院学习。

　　鲁汶大学是世界上最古老的天主教教会大学之一。在鲁汶大学期间，南怀仁系统地接触亚里士多德的学说，尤其是逻辑学和哲学体系，并通过宇宙论的学习，掌握了天文学、数学、历法计算、地理等多方面的知识。

　　南怀仁在1641年9月2日入耶稣会。1658年随同 Martino Martini神父前往中国，1659年抵达澳门。南怀仁本来在山西传教，1660年受召前往北京协助汤若望神父。