后来清兵入关，李自成的义军连连战败，不少人纷纷四散逃离，而牛金星也在李自成的政权分离后消失了踪迹。

　　关于牛金星的结局，因为史料上并没有过多的记载，都是凭着后人的猜测而致流传下来的有多个不同的版本。主要的版本有两个：一个是牛金星后来投靠清朝廷做了降臣，然而并没有收到清朝的重用，只是将他闲置在一旁。牛金星的晚年也就是在顺治年间，死在了儿子牛佺的衙门内。另外一个版本是牛金星在义军战败后并没有向清兵投降，而是舍去了自己原来的姓名在深林中隐居，做了一名如闲云野鹤般的道士。

　　不管最后牛金星到底是怎么死的，但是其存在确实一个不可磨灭的事实，牛金星也在李自成身边为李自成的大业出谋划策，特别是他向灾民提供救助的举措更是让李自成收复了不少民心，也让不少当时的百姓生活得到了保障。

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