根据《晋书·卷五十一列传第二十一·束皙》记载，在晋武帝太康二年，名叫不准的汲郡人盗墓，得到墓冢的竹简数十车，皆以古文(秦统一前的战国文字，或说“蝌蚪文”，或说“古文”，或说“小篆”，不一而足)记载，史称“汲冢书”。其中有记载夏商周年间的史书十三篇，晋人初名之“纪年”(又称“汲冢纪年”)。
中书监荀勗﹑中书令和峤奉命将散乱的竹简排定次序，并用当时通用的文字考订释文，遂有初释本竹书纪年。又称“荀和本”。凡十三篇，按年编次，叙夏、商、周三代，接以晋国、魏国排次，而周平王东迁后以晋国纪年，三家分晋后以魏国纪年，至少今王二十年止。初释本认为竹简所记的今王应该是魏襄王，汲郡所盗的墓冢应该是魏襄王的。
当时和峤认为竹书纪年起自黄帝，但是这个意见未被采纳，或将记载黄帝以来史事的残简作为附编收录。
永嘉考正
由于竹简散乱，而战国文字当时已经不能尽识，因此争议很大。到了晋惠帝时期，秘书丞卫恒奉命考正竹简，以定众议。但是八王夺位，永嘉之乱爆发。卫恒被杀害。其友佐著作郎束皙续成其事，遂有考正本竹书纪年，又称“卫束本”。
考正本认为竹简所记的今王应该是魏安釐王，汲郡所盗墓冢应该是魏安釐王的。
永嘉之乱，竹书纪年的竹简亡佚，而初释本、考正本传世。《隋书·经籍志》录有竹书国异一卷，或是后人据此两种本子所作的校记。
宋时亡佚
可以说，《竹书》在宋代的亡佚绝非偶然。《竹书纪年》如此重要的一部学术著作，在传承了六百年之后，为何会在宋代又一次亡佚呢?完全可以想象的出来，当《竹书纪年》出土之后，给当时的思想学术界会带来何等巨大的震动。儒学成为国学，宋朝二程、朱熹一派的理学居于正统。与儒家史学体系冲突极大的《竹书》理所当然地被宋儒视为异端邪说，必欲除之而后快，清代朱右曾所著的《汲冢纪年存真》序中一针见血地指出：“学者锢于所习，以与《太史公书》及汉世经师传说乖牾，遂不复研寻，徒资异论。越六百余岁而是书复亡。”与这一趋势相吻合，《竹书纪年》在安史之乱到唐末五代传抄本逐步开始散佚，宋代的《崇文总目》、《郡斋读书志》、《直斋书录解题》已不加著录。
《竹书纪年》相对于汉儒经典太异类了，实际情况是，《竹书纪年》冲破了儒家古代历史体系。
一，让我们以禅让为例来说明这一点。禅让在儒家伦理道德治国体系中的作用十分重要，它是以礼以仁治国的典范，而《竹书纪年》记载却是：“昔尧德衰，为舜所囚”，还说“后稷放帝朱于丹水 ”后稷就是弃，周人始祖，舜的亲信。也就是说，《竹书纪年》中并不存在禅让的说法，而是舜囚禁尧登上帝位。
二，关于商王朝重要辅臣伊尹，根据《竹书纪年》记载，伊尹放逐了商汤的长孙“太甲”自立，太甲在桐宫被关了两年多，后来趁机从桐宫逃回王都，杀了伊尹，恢复了王位，还宽宏大量地对待伊尹的两个儿子，让他们分了伊尹的田宅。原文是：“伊尹放太甲于桐，尹乃自立，暨及位于太甲七年,太甲潜出自桐，杀伊尹，乃立其子伊陟、伊奋，命复其父之田宅而中分之。”以上和正统是完全不同的。
但在儒家的史料中，故事是这样的：太甲继承王位后不听伊尹的劝告，胡作非为起来，太甲被伊尹关在桐宫，深为悔恨，终于改邪归正，有了良好的表现，于是伊尹又把他迎回都城。伊尹称赞太甲悔过自新。太甲则回答：“过去我曾经违背您的教导，将来希望您继续指导我走正路。上天制造的灾祸，还可以躲避;我自己制造的灾祸，就没有办法逃脱了(天作孽，可违也;自作孽，不可以逭，《尚书·商书·太甲》)。”(注：目前不能确认两种说法孰是孰非)
历史上的盗墓行为，有时也可以导致重要的文化发现。秦始皇焚书，真正产生灭绝性后果的是战国时期除秦之外各国史记的被毁，历代史学家对此痛心不已。然而西晋初年，这种损失居然出人意料地得到了些微小的弥补。相信考古不断有新发现，竹书、帛书不断问世，象银雀山、睡虎地等，史学家开放的心态，一定可以还历史一个真面目。
宋明今本
历经安史之乱、五代十国，初释本、考正本渐渐散佚无存。宋代目录书，诸如《崇文总目》﹑《郡斋读书志》﹑《直斋书录解题》已不加著录。
元末明初乃至于明代中期，出现了竹书纪年刻本，其春秋战国部分以周王室纪年记事，与初释本、考正本不同，是为今本竹书纪年。清代学者钱大昕等人指斥其为伪书，姚振宗《隋书经籍志考证》更推断为明代嘉靖年间天一阁主人范钦伪作。
南宋初年，罗泌《路史·国名纪》戊注曾引《纪年》桓王十二年事，已不用晋国纪年，除多一字外，与今本全同，据此推断今本最迟在南宋初年出现。
清儒古本
清代学者热衷于训诂考究，其中研究竹书纪年的甚多。
嘉庆年间，朱右曾辑录竹书纪年的佚文，加以考证，编成《汲冢纪年存真》 ，是为古本竹书纪年。 王国维在这个基础上，再辑成《古本竹书纪年辑校》。
范祥雍进一步编成《古本竹书纪年辑校订补》。
现今通行
1981年，方诗铭综合有清以来朱、王、范三家著述，重加编次，广为蒐集，细致考证，与王修龄等人辑录成《古竹书纪年辑证》，随书收录王国维《今本竹书纪年疏证》，是现今较为完备的本子。
竹书纪年的内容有与传统正史记载不同处，如"(殷)祖乙胜即位﹐是为中宗"，与《史记殷本纪》等以中宗为太戊不同，但与甲骨文"中宗祖乙"的称谓却完全相合，可见竹书纪年的史料价值甚高。
《竹书纪年》凡十三篇，叙述夏、商、西周和春秋、战国的历史，按年编次。周平王东迁后用晋国纪年，三家分晋后用魏国纪年，至"今王"二十年为止。《竹书纪年》是中国春秋战国时期晋国、魏国史官所记之史书，是中国古代唯一留存的未经秦火的编年通史。它的历史价值和社会价值皆在古代经史之上。此书开篇是以君主纪年为纲目，上下记载了89位帝王、1847年的历史。
四库提要
《竹书纪年》·二卷(内府藏本)
案《晋书·束晳传》：晋太康二年，汲县人发魏襄王冢，得古书七十五篇。中有《竹书纪年》十三篇。今世所行题沈约注，亦与《隋志》相符。顾炎武考证之学最为精核，所作《日知录》中，往往引以为据。然反覆推勘，似非汲冢原书。考平王东迁以后，惟载晋事;三家分晋以后，惟载魏事。是魏承晋史之明验。然晋灵公桃园之事，董狐所书，明见《左传》，孔子称赵盾为法受恶，足知未改史文。乃今本所载，仍以赵穿蔽狱，则非晋史之旧也。《束晳传》称《竹书》夏年多殷，益干启位，启杀之。今本皆无此文。又杜预注《左传》携王奸命句，引服虔说，以为伯服，《疏》并引束晳以为伯盘。今本乃有余臣之说。使《竹书》原有此文，不应二人皆未睹，则非束晳、杜预所见本也。郭璞注《穆天子传》，引《纪年》七条。以今本核之，相同者三条。璞称《纪年》而今在注中者三条。璞时不应先有注。且三条并为一条，文亦不属。其“穆天子见西王母，西王母止之曰：有乌 人”一条，今本无之。则非郭璞所见本也。《隋书·经籍志》曰：纪年皆用夏正建寅之月为岁首。今本自入春秋以后，时月并与经同，全从周正，则非隋时所见本也。《水经注》引《竹书》七十六条，皆以晋国纪年，如《春秋》之为鲁史。而此本晋国之年皆附周下。又所引“出公六年荀瑶成宅阳”，“梁惠王元年邺师邯郸，师次于平阳”，“魏襄王六年秦取我焦”及“齐师伐赵东鄙围中牟”诸条，今本皆无。其他年月亦多舛异，则非郦道元所见本也。《史通》引《竹书》“文王杀季历”，今本作“文丁”。又引《竹书》“郑桓公，厉王之子”，今本锡王子多父命居洛，在宣王二十二年。王子多父为郑公在幽王二年，皆不云厉王子，则非刘知几所见本也。《文选注》引《竹书》五条，今惟有“太甲杀伊尹”一条，则非李善所见本也。《开元占经》引《竹书》四条，今本皆无，则非瞿昙悉达所见本也。《史记索隐》引《竹书》晋出公二十三年奔楚，乃立昭公之孙，是为敬公。今本作“出公薨”。又引秦与卫战岸门，惠王后元十一年会齐于平阿，十三年会齐于甄，齐桓公君母，齐宣王后，宋易成肝废君自立，楮里疾围蒲七条，今本皆无，则非司马贞所见本也。《谷梁传疏》引《竹书纪年》周昭王胶舟之事，以驳《吕氏春秋》。今本但曰王陟，无胶舟事，则非杨士勋所见本也。《元丰九域志》引《竹书》阴司马败燕公子翌于武垣一条，今本亦无，则非王存所见本也。《路史》引《竹书》周武王年五十四，辨武王非年九十三。今本乃作九十三。又注引《竹书》夏后不降六十九年，证《世纪》五十九年之异。今本乃亦作五十九。《路史》又引梁惠成八年雨骨于赤鞞，注又引夏桀末年社坼裂。今本并无。则非罗泌、罗苹所见本也。《战国策注》引《竹书》魏救中山，塞集胥口。今本无之。则非鲍彪所见本也。《广川书跋》引《竹书》秦穆公十一年取灵邱，今本无之，则非董逌所见本也。虽其他证以《竹书》往往相合。然允征称辰弗集于房，说命称旧学于甘盘，均出梅赜《古文尚书》。在西晋之后，不应先见《竹书》。岂亦明人钞合诸书以为之，如《十六国春秋》类欤。观其以春秋合夏正，断断为胡传盛行以后书也。《沈约注》外又有小字夹行之注，不知谁作。中“殷小庚”一条，称约案《史记》作太庚，则亦当为约说。考《元和郡县志》，魏武定七年始置海州，隋炀帝时始置卫县。而注舜在鸣条一条，称今海州。夏启十一年放武观一条，称今顿邱卫县。则非约语矣。又所注惟五帝三王最详，他皆寥寥。而五帝三王皆全钞《宋书·符瑞志》语。约不应既著於史，又不易一字移而为此本之注。然则此注亦依托耳。自明以来，流传已久，姑录之以备一说。其伪则终不可掩也。