研究奇门遁甲的人都奉九天玄女为祖师爷（祖师奶奶），九天玄女又叫黎山老母，原名风后，是女娲部族的的风师，相当于大法师，负责与神灵沟通。

伏羲部落与女娲部落合为一处后，伏羲部落中最懂法术的人，莫过于风后，而伏羲向风后传授最多的，便是八风八方之法的使用。后来风后将此加以简单创造，成了今天玄学中最为神秘而强大的奇门遁甲之术。

当时的奇门遁甲之术虽简略，但雏形已现。作战之时，如果把敌人的军队当成风，他们只可能从八个方向来袭，这八个方向分别是东、南、西、北、东北、东南、西南、西北。以此八方为据，安排军队，每支军队占据一个方位，指挥官占中，共九个方位，名为九宫。这九个方位中，居中的指挥官，有三支力量可供调配，名为三奇，每一方位，是为一门，共有八门，合称奇门，其中因指挥官隐于阵中，又以甲相代称，故名遁甲。

当时的奇门遁甲，是自造天地，每一门的队伍，共分为里中外三层，其中，中层为地盘，保持九宫格局不变。作战之时，外层应时间变化，顺时运行，内层应外层之变，逆向交替，每个时辰变化一次，自成天地。

每次敌军来袭之时，利用阵法之变，将敌中的一部分人马困于阵中，迅速判定对方的五行能量属性（按对方的强弱程度及兵种分析判定），采取生、克、耗、助、泄五种能量关系的消长，最终化解对方实力。

最早的奇门遁甲，可以用一句话来概括，外应天时（八风八卦），中定方位（九宫），内运五行，在上古最著名的涿鹿（浊陆）之战中，风后就用此阵法化解了蚩尤军队的攻势，取得胜利。