万历朝最大的政治事件之一，便是所谓“争国本”，也就是明神宗的继承人问题。明神宗的皇后无子，按礼制，皇长子朱常洛应该被立为皇太子，然而明神宗却因为宠爱郑贵妃，有意立郑贵妃的儿子皇三子朱常洵为太子。
而将维护礼制视为天职的朝中大臣自然不会坐视明神宗废长立幼的违制行为，于是双方冲突不断，奇案迭出，妖书案便是其中之一。从发生到破案，妖书案始终与朝中激烈的政治斗争交织在一起，这使得案情更加扑朔迷离，疑云重重，妖书案也因此成为千古之谜。
所谓“妖书”，实则是类似传单的揭帖，是一种匿名的政治宣传品。万历朝的妖书案，影响较大的有“忧危议”妖书案与“续忧危议”妖书案，内容都与太子地位密切相关。
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万历十六年（1588），河南人吕坤任山西按察使，以饱学之士自居的他把历史上的“烈女”事迹编成一本书，名为《闺范》。这本书刊刻后流行很广，不久便由太监传入宫中。万历二十三年（1595），得到此书的郑贵妃命人增补了10余人，以汉明德皇后开篇，郑贵妃终篇，并加写一篇序文，嘱托其伯父郑承恩及兄弟郑国泰重新刊刻，书名改为《闺范图说》。
不料到万历二十六年（1598），有人托名“燕山朱东吉”撰写了一篇《闺范图说》跋，题名《忧危议》。托名“朱东吉”，意为东宫大吉。题名《忧危议》是因为吕坤曾上过一个奏折，尾句有“敬上忧危之疏”之语，因此“借其名以讽”。《忧危议》主要说吕坤的《闺范图说》首载汉明德马后由宫人进位中宫，客观上是适应郑贵妃想登上后位的需要，而郑贵妃之所以要重刻此书，目的在于想为立自己儿子为太子制造依据。《忧危议》出现后很快传遍京城，搞得满城风雨。
吕坤得知自己被卷入是非之中，急忙写了《辩忧危议疏》向皇上辩白，声明自己撰写《闺范》的目的只是为了“明女教”，与郑氏刊刻的《闺范图说》没有关系。神宗看到事情牵连到郑贵妃，不得不亲自出面干预，称《闺范》一书是他亲自推荐给郑贵妃的，因为书中大略与《女鉴》主旨相仿佛，以备朝夕阅览，并在谕旨中轻描淡写地作出结论：“这事朕已洞知，不必深办。”
神宗下令不必深办，不是对编写《忧危议》的人怀有宽容之心，而是担心此事追究起来，郑贵妃难脱干系。不过，神宗并不想就此放过制造妖书的人。郑贵妃的伯父郑承恩看到《忧危议》后，怀疑是吏科给事中戴士衡和全椒县知县樊玉衡所为，因为戴士衡曾弹劾吕坤，说他“潜进《闺范图说》，结纳宫闱”，而樊玉衡则曾在要求册立太子的奏折中指责皇贵妃“不智”。神宗得到郑氏报告后，当即半夜传旨，将二人下诏狱拷讯，最终二人均被流放到边远地区。
然而一波未平，一波又起。万历三十一年（1603）十一月十一日早晨，自朝房至勋戚大臣门口，都被放上匿名书一帙，封面题名“国本攸关”四字，而第一页第一行上赫然写着“续忧危议”五个大字。自称“续忧危议”，就是在表明此文是续“忧危议”而来。书中托名郑福成为问答，“郑福成”的含义，乃是指郑贵妃之福王（朱常洵）将成为太子。
与《忧危议》相比，《续忧危议》的言辞更加激烈。《续忧危议》抓住皇太子岌岌可危的处境大做文章，指责郑贵妃企图废太子，册立自己的儿子为太子。书中称，神宗册立朱常洛为太子乃是出于迫不得已，但太子居住的东宫规制都不具备，因此储位未妥，国本未固，他日必将改封。而一旦改封，因为母爱者子贵，以郑贵妃之得宠，必然是福王朱常洵成为太子。
文中又称，神宗之所以任用朱赓为内阁大学士，是因为“赓”与“更”同音，暗含他日变更朱家太子之意，还列举了依附朱赓的9个文武大臣的名字，称他们为“十乱”，声称在“十乱”的活动之下，不知什么时候太子就会被废掉。此外，书中还指责首辅沈一贯为人“阴贼”，“欲右郑而左王（指太子朱常洛）”。
一夜之间，《续忧危议》传遍京城，上至宫门，下至街巷，到处都有，舆论随之哗然。人们看到《续忧危议》竟指名道姓地议论当时朝政中最敏感的话题，个个大惊失色。朱赓一大清早在家门口发现了“妖书”，一看内容，竟是诬陷自己是“动摇国本”、他日更换太子的祸首，惊怒之下立即入宫，将《续忧危议》进呈神宗。此时，提督东厂司礼监太监陈矩也已经将此事报告神宗。神宗看完《续忧危议》勃然大怒，命令陈矩“大索，必得造妖书者。”
东厂、锦衣卫为了侦破妖书案，在京城掀起了一场大逮捕，一时间搞得京城内外人人自危，先后被捕入狱的有锦衣都督周嘉庆、僧人达观、医生沈令誉、四川渠县训导阮明卿、礼部右侍郎郭正域的仆人毛尚文等。其中周嘉庆和阮明卿等很快被释放，而其他人则卷入了朝中激烈的派系斗争。
妖书案发生之初，首辅沈一贯、次辅朱赓因为都被《续忧危议》指名道姓地认定是郑贵妃的帮凶，为避嫌疑，都闭门不出，内阁仅剩下沈鲤一人主持日常工作。与沈鲤原本不和的沈一贯当然不愿将权力拱手让给沈鲤，便想方设法将沈鲤拖入妖书案中，沈鲤的门生、礼部右侍郎郭正域便成为他的突破口。沈一贯先是指使他的亲信、刑科给事中钱梦皋上疏诬陷郭正域、沈鲤与妖书有牵连，要求严查到底。
震怒之中的神宗遂授权沈一贯彻查此事，并下令郭正域“还籍听勘”，同时命令“急严讯诸所捕者”。有了明神宗的授权，沈一贯便放开手脚开始陷害沈鲤和郭正域。京营巡捕陈汝忠受沈一贯之命，先后逮捕了僧人达观、医生沈令誉、仆人毛尚文，这些人都与郭正域有某种联系，逮捕他们就是想从这些人口中引出郭正域。
然而，僧人达观被拷打至死，沈令誉受刑后奄奄一息，都未招认郭正域。毛尚文虽然在利诱之下同意指认郭正域，但由于供词漏洞百出，没有能达到诬陷郭正域的目的。情急之下，三法司的官员又把郭正域的同乡胡化抓来，要他诬陷郭正域、沈鲤，也遭到胡化的严辞拒绝。
为了达到诬陷郭正域的目的，沈一贯等人在东厂、锦衣卫和三法司会审时，竟然要沈令誉家奶妈的10岁女儿出庭作证。司礼监太监兼提督东厂太监陈矩问小女孩：“你看到印刷妖书的印版一共有几块？”小女孩根本不懂，便胡乱回答：“满满一屋子。”
陈矩听了大笑，说：“妖书只有两三张纸，印版怎么可能有一屋子呢？”陈矩又问另一个嫌犯：“沈令誉告诉你刊印妖书是哪一天？”那人也是信口开河，回答道：“十一月十六日。”参与会审的兵部尚书王世扬说：“妖书于十一月初十日已经查获，怎么可能在十一月十六日才刊印呢？”最高司法当局的会审，搞成了一场闹剧，连对沈令誉的指控都无法成立，对郭正域的诬陷当然难以成立。心有不甘的沈一贯派人到沈鲤家中搜查了三天，结果一无所获，便又发兵包围由京返乡的郭正域的坐船，企图迫使郭正域自杀，又遭郭正域的坚决拒绝。
正当沈一贯等人加紧诬陷郭正域的时候，皇太子朱常洛得知郭正域因“妖书案”受牵连，十分不安。由于郭正域曾经在朱常洛出阁讲学时任过讲官，与朱常洛关系很好，深知郭正域为人的朱常洛对有人陷害郭正域十分不满，多次对身边的官员说：“何为欲杀我好讲官？”又传话给提督东厂太监陈矩：“饶得我，即饶了郭先生吧！”陈矩见皇太子力保，加上确实无法证实郭正域与妖书案有关，便有意为郭正域开脱。也正是陈矩鼎力平反，郭正域才免遭陷害。
“妖书案”迟迟无法侦破，东厂、锦衣卫的压力越来越重，便加紧对疑犯搜索。十一月二十一日，东厂缉获一名可疑男子生彩，据他的供词，其兄生光有重大嫌疑。锦衣卫立即逮捕了生光，并在他家中查获罗纹笺写的手稿等物证。生光原是顺天府的秀才，不过却不走正道，专门以“刊刻打诈”为生，曾经伪造郑贵妃的伯父郑承恩和富商包继志的诗，向他们胁诈金钱。
虽然生光这些事情与“妖书”并无直接关系，办案官员却顾不得这许多，他们把为生光刻书的刻字匠徐承惠抓来作为证人，徐承惠招供曾为生光刻过《岸游稿》12张及“妖诗”一版。掌管锦衣卫的王之桢便据此认定，生光就是“妖书”的作者。然而，生光虽然受到酷刑审讯，但始终不肯承认。陈矩知道生光的确不是妖书案的作者，但迟迟不能结案，神宗必然发怒，到时候受此牵连的人会越来越多，而生光妖书案虽然冤枉，但他以前犯的事也已经是死罪，便有意让生光顶罪。
在他与会审官员的努力下，生光终于认罪。据《罪惟录》记载，参与会审的御史沈裕曾厉声对生光说：“恐株连多人，无所归狱。”听了这样的诱供，生光不得不自己“诬服”，以后也不再翻供。他叹息道：“我为之，朝廷得我结案已矣，如一移口，诸臣何处乞生？”会审官员得到生光的口供，如获至宝，急忙向神宗报告，声称“生光前作妖诗，继播妖书，众证甚确，自认无词。”神宗于是下令三法司尽快定罪。
万历三十二年（1604）四月，刑部尚书萧大亨把三法司拟定生光“论斩”的结论上报神宗，神宗以为定刑太轻，要求从重拟罪。萧大亨心知此案证据不足，“论斩”已经有些过重，不愿再另拟重刑，便请神宗定夺。神宗急于结案，便亲自定罪，以“生光捏造妖书，离间天性，谋危社稷”的罪名，下令将生光凌迟处死，再枭首示众。
生光被凌迟处死，妖书案也终于结案，但有关妖书案的争论却并没有结束。生光是否真是案犯在朝野引起了极大的争议。
有人指出，妖书案的最终定案有如儿戏。据《先拨志始》记载，参加审讯的御史余懋衡向众官员宣布，他定罪的依据是：“昨梦观音大士说：‘妖书系生光造的。’”在场的人听了莫不匿笑。此话传到宫中，神宗也哭笑不得。
沈一贯、朱赓对“妖书”出于生光之手表示怀疑。他们曾就此案向神宗皇帝表示，有关生光的证据“空洞繁言，无足推求事实”，“含糊难明”。当然，沈一贯等人的目的是要找出所谓幕后的黑手，也就是郭正域、沈鲤。史载沈一贯的心腹钱梦皋和康丕扬对生光严刑逼供，希望他指证郭正域，生光却对着他们大骂：“死则死耳，奈何教我迎相公（指沈一贯）指，妄引郭侍郎乎！”
刑部尚书萧大亨想讨好神宗，再三诱使生光说出“同谋主使之人”，生光拒不服从，抗言道：“我自为之，谁为主使？”在会审时，萧大亨甚至把写好的纸条塞入刑部主事王述古袖中。纸条上写着：“脱生光而归罪(郭)正域。”王述古正色拒绝：“狱情不出囚口，出袖中乎？”
还有人说，“妖书”出于武英殿中书舍人赵士桢之手。赵士桢一向慷慨有胆略，“妖书案”发后，杜门不出。据说，生光凌迟处死后，赵士桢精神错乱，屡次梦见生光索命，一病不起。相传临死前，他透露了这一秘密。又传闻，赵士桢临死时，“肉碎落如磔”。所谓“肉碎落如磔”云云，当然是民间关于因果报应的街谈巷议，姑妄听之。不过，由此也折射出舆论的导向：生光死得冤枉。但谁是妖书真正的作者呢？至今依然是个千古之谜。