明朝末年的宫廷斗争并没有因为明光宗的死而结束，反而更加扑朔迷离。“红丸案”的真相还没有查清，接着又发生了一件大案“移宫案”。明万历四十八年（1620年）七月至九月一日，万历、泰昌两帝相继而亡，新帝即位之事关系着国家的命运，成为朝野关注的焦点。

事情还得从明光宗说起，明光宗有一位非常宠爱的李选侍。李选侍入宫之后，很快讨得了朱常洛的欢心。在宫里的地位迅速上升，并且替光宗抚养日后的皇太子朱由校，地位由此更加特殊，几乎掌握了后宫的实权。而且她还同郑贵妃保持着密切的联系，李选侍极力地想通过郑贵妃的力量将自己扶上皇后宝座，郑贵妃则想利用李选侍在皇帝面前说话方便的机会，帮她实现做皇太后的梦想。

当初，朱由校由于其父泰昌帝朱常洛不得万历皇帝的宠爱，他自幼也备受冷落，直到万历帝临死前才留下遗嘱，册立其为皇太孙。朱由校的生母王才人虽位尊于李选侍，但因李选侍受宠，她备受李选侍凌辱而致死，临终前遗言：“我与李选侍有仇，负恨难伸。”而朱由校从小亦受李选侍的“侮慢凌虐”，终日涕泣，形成了惧怕李选侍的软弱性格。

泰昌元年（1620年）九月初一，朱常洛在宫中暴毙。李选侍却仍住在皇帝、皇后的寝宫乾清宫，丝毫不想搬出乾清宫。按照明代的制度，外廷有皇极殿，内宫有乾清宫，都是属于皇帝、皇后专用的。而李选侍是想借年仅15岁的光宗长子朱由校掌握朝政，坐镇乾清宫，进而统驭后宫。

此举引起朝臣的极力反对。泰昌帝驾崩当日，杨涟、刘一等朝臣即直奔乾清宫，要求哭临泰昌帝，请见皇长子朱由校，商谈即位之事，但受到太监们的阻拦。兵部右给事中杨涟挺身而出，厉声斥责道：“你们这些奴才想干什么？我们都是受皇帝召见的，皇帝晏驾了，你们敢造反不成！”太监们这才让开。李选侍把朱由校藏在自己房里，不让出来。

大学士刘一爆问：“太子到哪里去了？”太监们都不答话。比较正直的东宫伴读太监王安走进房内，哄李选侍道：“太子出去一下就回来。”才将朱由校带出。但李选侍马上就后悔了，叫太监把朱由校带回来。太监们上前拉住朱由校的衣服，朱由校一时也没有了主意。这时，杨涟上前将太监斥退。群臣簇拥着朱由校来到文华殿接受群臣的礼拜，决定以本月六日举行登基大典。为了朱由校的安全，诸大臣暂将他安排在太子宫居住，由太监王安负责保护。

李选侍挟持朱由校的目的落空后，群臣纷纷上书，要求李选侍搬出乾清宫。李选侍却“居乾清宫自若”。而朱由校（天启帝）要登临大位，就必须回到乾清宫。为了让李选侍尽快“移宫”，御使左光斗上书朱由校明白指出：“内廷有乾清宫，犹如外廷有皇极殿，唯天子御天得以居之，唯皇后配天得以共居之。其他妃嫔不得常住。这非但为避嫌，也为了区别尊卑。选侍既非嫡母，又非生母，俨然尊居正宫，殿下反而退处慈庆宫，名分又从何说起？不早作决断，势必借抚养之名，行专制之实。武氏之祸，将在今日重演。”朱由校听了，觉得甚是有理，便发布上谕，说移宫已有圣旨，册封贵妃一事，尊卑难称，着礼部再议。

随着朱由校登基大典日期迫近。至初五日，李选侍尚未有移宫之意，并传闻还要继续延期移出乾清宫。杨涟便直言上奏：“选侍托保护之名，图专擅之实，宫不可不移。臣言之在今日，殿下行之在今日，诸大臣赞决之，也在今日！”

随后，杨涟又去拜见首辅大臣方从哲。方从哲起初认为这件事不用太着急，晚两天也没什么关系。杨涟却说，太子明天就要登基了，难道登基为天子后还要回到东宫的住处吗？选侍今天不愿离开乾清宫，难道以后就会主动离开了吗？方从哲最终被杨涟说服，两人统一了意见后，又去请求太子颁下严令。于是，朱由校登基在即时下令，命李选侍移出乾清宫，移住仁寿殿。

他还下令收捕李选侍身边的几个亲信太监，理由是他们涉嫌偷盗大内库藏。如此情形下，势单力孤的李选侍还是敌不过皇帝的一纸命令，移宫已成定局。李选侍终于无奈地决定移宫。九月初五，她抱着皇八女，徒步从乾清宫走向宫中宫妃养老处——仁寿殿哕鸾宫。于是，这件震动宫闱的明朝三大疑案之一的“移宫案”终于落下了帷幕。李选侍以失败而告终，熹宗朱由校进驻乾清宫，登上宝座。

李选侍封后的要求没有实现，做皇太后控制朝政的愿望也落了空。她赖在乾清宫不走是否是受到了郑贵妃的幕后指使，这个后人亦无从得知。但是其意图很明显，就是要通过控制新皇帝朱由校来操纵整个朝政。李选侍虽已“移宫”，但斗争并未结束。“移宫”数日，哕鸾宫失火，经奋力抢救，才将李选侍母女救出。反对移宫的官员散发谣言：选侍投缳，其女投井，并说“皇八妹入井谁怜，未亡人雉经莫诉”，指责朱由校违背孝悌之道。

朱由校在杨涟等人的支持下批驳了这些谣传，指出“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵。厚养选侍及皇八妹，以遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣”。至此，“移宫”风波才算暂告结束。它与万历朝的梃击案、泰昌朝的红丸案一直是天启朝争论的问题，史称晚明三大疑案。