史可法与马士英之争，是典型的忠与奸的争斗。二人的争斗开始于拥立福王。

崇祯十七年（公元1644年）三月十七日，李自成率领农民起义大军包围了北京城，崇祯帝自缢。自然地拥立新君成了问题。当时，都御史张慎言、詹事姜日广等起草文书，主张立潞王。史可法也完全同意他们的意见。这时，手中掌握兵权的凤阳总督马士英却认为，立君要以贤明作为标准，不能固执地拘泥于人选的辈分顺序。

马士英的话传到了史可法那里，史可法就给马士英写了封信，把福王“七不可立”的意见坦率地告诉他。史可法还以为马士英也主张立潞王，但他哪里知道，马士英心目中的理想人选不是潞王而是福王。

马士英与阉党人物具有很深的关系。而朱由崧的父亲朱常洵、祖母郑贵妃，当年又都是魏忠贤、阮大铖之流竭力加以“保护”的。如果能立福王，马士英就可以获得更大的权柄而爬上更高的位置。出于自身的私利，马士英与阮大铖沆瀣一气，拥立福王。

马士英等一边假惺惺地说“立君以贤”，一方面与南京的勋臣刘孔昭等相勾结，又拉拢驻守江北的武将黄得功、高杰、刘泽清和刘良佐等，把福王推上台。史可法从外地回到南京之后正与张慎言等一起筹划拥立潞王的大事，忽然，从长江北岸传来了消息：凤阳总督马士英主张拥立福王。经过反复的思考，史可法不得不以大局为重同意了马士英的提议。

马士英本以为拥戴福王有功，福王一定会感恩戴德将他大加提拔。结果，马士英虽然成了内阁大学士，却仍旧只是在凤阳督师，京中的大事都要听史可法安排。马士英不能接受这样的格局，他要自己控制朝政。于是，马士英挑拨离间，排挤史可法。

马士英为了离间福王与史可法的关系，并表明他对福王的“忠诚”，将当初史可法写给马士英的书信，上面有福王“七不可立”的意见告诉给了福王。福王看后，心里当然不是滋味。后来，马士英要求朝觐福王，并劝福王马上称帝，福王答应了他的要求，宣诏马士英入京晋谒。

举荐史可法去做督军，这是排挤史可法的第一步。史可法虽然心里非常气愤，但江淮一带是南京的门户，另外也想到马士英此次来南京，其对朝中大权是志在必得，为了避免严重内讧，采取了让步。

于是，福王正式即帝位，并确定年号为弘光元年（公元1645年）。次日，马士英正式入阁办事。而史可法带了三千兵卒离开南京城。自此南京城的实权，落入了马士英手中。

史可法身陷是非之地，处处是马士英给他设的爪牙和圈套，稍有不慎便会落入魔掌。史可法忍气吞声，为了江山社稷忍辱负重。

马士英掌权以后，与手下“四镇”战将联合，想借机除掉史可法，然而史可法早已识破。

马士英用诡计把史可法挤出南京。但是，南京的不少大臣都站在史可法一边。因此，马士英又计算着新的策略，把斗争的矛头指向张慎言等人。

马士英在对史可法亲信发起进攻的同时，仍不忘寻找自己的知己，来组成自己的帮派。为了巩固他的地位，马士英引荐阮大铖。福王便下谕旨，决定起用阮大铖等人。

从此，马士英与阮大铖事实上控制了南明的朝政。马士英拥有了自己的集团，控制了朝中的权力，对于史可法的威胁更加严重。