李自成的大部分部下被胜利冲昏了头脑，他们整日不是狎妓取乐，便是做着新朝登基的春秋大梦。明朝的半壁江山还没有打下来，当时的形势依然还很复杂。将军李岩给他提了四条建议：一是不要急于称帝；二是颁布的贪官追赃法令要严格按律执行，在政局还不够稳定的时候尤其要严明法纪，对于实在贪污严重者可以杀，其余都可以不予追究，对于那些清廉的官员更要在政策上保护，以争取这部分人的支持；三是严明军纪，一切军士均不得扰民，违令者斩；四是明朝各地握有军队的官员现处于观望状态，切不可兴兵讨伐，如若讨伐必将陷大顺于万劫不复之境地。可以采取安抚的策略，赐侯封爵未尝不可。

可是李自成没有采纳这四条建议，入京不足一月便被迫出走，一场浩浩荡荡的农民起义就这样结束了。

兵败后李自成带余部南撤，途中遭遇围追堵截、屡战屡败，后闯王不知所踪，成为历史之谜。

关于战败后的李自成究竟下落何方，有两种说法。

一说客死九宫山。这个说法来自当时清朝名将爱新觉罗·阿济格，他是在山海关大破李自成农民军的重要将领之一，他对李自成如何殉难是这样解释的：“李自成窜走时，随身只有士兵20人左右，在九宫山被山民围困，不能逃脱，然后自缢而死。”但阿济格并非亲眼所见，不足为信。

据明末清初诗人吴伟业的《绥寇纪略》中有关于李自成兵败九宫山的记述：“至九宫山，独自上山谒元帝庙，当地山民误以为是盗贼首领‘碎其首’而亡。”而费密的《荒书》记述：“李自成率十八骑，由通山过九宫山岭。”被山民围攻，十八骑被杀，李自成和山民程九伯搏斗，不慎被程九伯外甥金某从背后袭击致死。

二说夹山灵泉寺隐匿。

澧州知州何璘首先否定了清廷关于李自成死于九宫山的说法，他在《李自成传》中称，兵败后李自成逃到夹山削发为僧，法名奉天玉和尚（因为李自成曾号称自己是奉天倡义大元帅）。而且何璘还去实地考察过，说他见到一个操着陕西方言自称曾经服侍过奉天玉和尚的老人，并且他还有奉天玉和尚的画像，据说画上的和尚与当时史书上闯王的模样极为相似。

在奉天玉和尚的墓葬中发现的很多遗物以及《塔铭》都与何璘记述寺内的遗物和皇室玉器极为吻合，而且从夹山寺里发现了只有君王才能使用到的石雕龟形敕印，这似乎在向研究者说明这个奉天玉和尚就是李自成。

由于关于李自成起义的很多文献资料都不知所踪，所以我们不能真实地了解当时的情况，进而对这位起义领袖的归宿也不得而知，因此关于李自成失败后的结局就成为一个历史疑案，有待后人评说。