慈宁宫经历了明清两朝四百余年，最初了明朝皇贵妃的所居。1563年，即明嘉靖十五年，在仁寿宫原址上兴建慈宁宫。清朝顺治帝入关后，沿用了明制，1653年慈宁宫修葺后，迎来了它的第一位主人：孝庄文皇后。此后作为太后所居正宫和太妃的随居住所。

　　孝庄太后，博尔济吉特氏，名布木布泰，皇太极之妃，孝端文皇后侄女，顺治帝生母，康熙帝祖母。一生培育、辅佐顺治、康熙两代君主。福临帝即位后，孝庄成为清代第一位太后。顺治帝驾崩后，她辅佐康熙帝，成为太皇太后，成为中国历史上有名的皇太后和太皇太后，是清初杰出的女政治家。

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　　孝庄太后在慈宁宫居住了四十四年。顺治帝为祝母后生日，写下三十首诗献给孝庄太后。

　　康熙帝继位后，孝庄太皇太后在慈宁宫颐养天年，而康熙帝一如既往地奉养太皇太后。康熙二十六年，太皇太后病危，康熙帝昼夜不离地侍奉在祖母身旁，隔帷席地而坐。据说，康熙帝还在慈宁宫举行了祭祀仪式，祈求上天让自己减寿，以换得祖母的康复。孝庄太皇太后去世后，康熙皇帝悲痛欲绝，于慈宁宫内停放太后的棺椁，并想将慈宁宫改为孝庄太后停灵的享殿，但因清宫无此规制而作罢。