在征讨方腊时，秦明的战绩依旧很多，如杀了敌方的将领等，屡次立下功劳。但在临近征战结束时，秦明与方腊的侄子方杰在青溪县界交战，两人大战三十余合，但后因为失与防守，遭到敌方将领的飞刀暗算，直接刺中而亡。后来秦明被追封为忠武郎。

所以秦明是怎么死的呢？他是被刺死的，也是死于非命。张恨水先生曾说：“百八人之入《水浒》，冤莫冤于秦明，惨亦莫惨于秦明矣。”秦明之所以冤，之所以惨，就是因为他的惨死。